mysql - 创建mysql表并加载数据

问题描述

我面临一个问题。

我有这个数据。数据存储在gene_ontology.txt，提取自：http ://gala.bx.psu.edu/downloads/hg15/genes/ 在这个数据中，第二列有多个字符串，“-”，“，” , 以及字符串和数字之间的空格。

以数据为例：

GO:0000001,mitochondrion inheritance
GO:0000002,mitochondrial genome maintenance
GO:0000003,reproduction
GO:0000005,ribosomal-chaperone activity
GO:0000006,high affinity zinc uptake transmembrane transporter......

我想将该数据插入到我创建的表中，如下所示：

mysql> create table annotation
    -> (GOid VARCHAR(255) NOT NULL,
    -> FUNCTION TEXT NOT NULL,
   -> PRIMARY KEY goid (goid));

当我加载时：

LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_ontology.txt' INTO TABLE annotation FIELDS TERMINATED BY ',' LINES TERMINATED BY '\n';

Query OK, 26077 rows affected, 1639 warnings (0.89 sec)
Records: 26083  Deleted: 0  Skipped: 6  Warnings: 1639  (<- LOADING GAVE ME WARNING AND SKIPPED RESULTS)

结果：

mysql> SELECT GOid FROM annotation LIMIT 6;

显示好的结果

+-------------+
| GOid        |
+-------------+
|  GO:0000001 |
|  GO:0000002 |
|  GO:0000003 |
|  GO:0000005 |
|  GO:0000006 |
+-------------+

但是，问题是当我选择两列时：

mysql> SELECT GOid, FUNCTION FROM annotation LIMIT 10;

+-------------+----------------------------------------------------------------+
| GOid        | FUNCTION                                                        |
+-------------+----------------------------------------------------------------+
                                     |nce
                              |enome maintenance
                                                  |
                                  | activity
  |GO:0000006 | high affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
      |000007 | low-affinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                               |
|  GO:0000009 | alpha-1                                                        |
                     |hexaprenyltranstransferase activity
                                       |
+-------------+----------------------------------------------------------------+

或者只有第二个：

 +----------------------------------------------------------------+
 | FUNCION                                                        |
 +----------------------------------------------------------------+
                                      |
                               |nce
                                                  |
                                  |
 |igh affinity zinc uptake transmembrane transporter activity
 |ffinity zinc ion transmembrane transporter activity
                                                   |
 | alpha-1                                                        |
                     |stransferase activity
                                           |
 +----------------------------------------------------------------+

我不知道发生了什么。为了解决这个问题，我尝试使用 LONGTEXT 和 BLOB 更改“FUNCTION”的类型。我已经完成了这些更改，因为我认为问题在于第二列（FUNCTION）的类型。但我没有成功。

标签： mysqlunixwarningsbioinformatics

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解决方案

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