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snakemake - 带集群的snakemake，如何使命令行更短

问题描述

我开始阅读有关蛇形的东西。我想将它与集群一起使用。

我想将所有/大部分发送的snakemake命令的参数放在Snakemake文件中，并使命令行更短。而不是运行：

snakemake -j 2  --cluster ...

我只想运行：

snakemake

我希望将集群的参数保存在文件中。我创建文件 config.yaml，把它：

cluster: bsub
jobs: 5

__default__ :
        job-name      : "{rule}"
        output        : "logs/{rule}/{wildcards}.out"
        ntasks        : 1
        cpus-per-task : 1
        mem           : "200M"
        time          : "00-00:05:00"
        queue         : "myqueue1"
        account       : "my_account"
        partition     : "my_partition"

# Override the above defaults, with job specific values
a :
        cpus-per-task : 16
        queue         : "myqueue2"
        mem           : "10000M"
        time          : "00-01:00:00"

当我运行时：

snakemake -j 1 --profile aa

我得到：

用法：snakemake [-h] [--dry-run] [--profile PROFILE]
[--cache [RULE [RULE ...]]] [--snakefile FILE] [--cores [N]]
[- -local-cores N] [--resources [NAME=INT [NAME=INT ...]]] ...
[target [target ...]] snakemake：错误：不明确的选项：--a={'cpus -per-task': 16, 'queue': 'myqueue2', 'mem':
'10000M', 'time': '00-01:00:00'} 可以匹配 --archive,
--allow-ambiguity, --allowed-rules, --attempt

另外，我在哪里可以找到带有集群的蛇形制作的完整示例？

谢谢。

标签： snakemakelsf

解决方案

我想你可以在你的 bash 配置文件中添加一个snakemake 的别名，例如：

alias snakemake='snakemake -j 2  --cluster ...'

也许更好地将别名称为与snakemake不同的东西，比如my_snakemake。

但在我看来，这不是一个好主意，因为有人，甚至你自己，后来阅读代码并不知道究竟是什么my_snakemake。

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