python - 在python中创建一个打包的气泡/散点图（基于大小的抖动以避免重叠）

Question

我遇到了许多与散点图/群图非常相似的图（页尾） ，这些图会抖动 y 轴以避免重叠的点/气泡。

如何根据给定的一组 x 和 z 值（点大小）获取 y 值（理想情况下在数组中）？

我找到了 pythoncirclify库，但它并不是我想要的。

我正在尝试创建的示例

编辑：对于这个项目，我需要能够输出x, y and z值，以便可以在用户选择的工具中绘制它们。因此，我对生成 y 坐标而不是实际绘图的解决方案更感兴趣。

标签： pythonmatplotlib

Answer 1

回答：
您在文本中描述的内容被称为 a swarm plot(or beeswarm plot)，并且有这些的 python 实现（尤其是seaborn），但也有，例如，在R中。也就是说，这些图允许调整每个数据点的 y 位置，因此它们不会重叠，而是紧密排列。

Seaborn 群情节：

讨论：
但是你展示的图不是标准的群体图（几乎总是有奇怪的“手臂”），而是似乎由某种类型的物理引擎驱动，它允许沿着 x 和 y 运动，这会产生您在图中看到的紧凑结构（例如，像蜘蛛网上的水滴）。

也就是说，在上图中，通过想象仅沿垂直轴移动点以便更好地打包，您可以看到，在大多数情况下，您实际上无法做到这一点。（老实说，也许显示的数据可以打包得更好一些，但不是很明显——例如，左边的第一条手臂无法改进，如果它们中的任何一个可以，它只能通过向内移动一两个点）。相反，要获得像你展示的那样的情节，你需要一些运动x，就像某种类型的物理引擎给出的那样，它希望保持 x 接近其原始值，但也允许一些变化。但这是一个需要在数据级别而不是编程级别来决定的权衡。

例如，这是一个绘图库 RAWGraphs，它会生成一个紧凑的蜂群图，就像问题中的政治图一样：

但至关重要的是，他们给出了警告：
“重要的是要记住，Beeswarm 图使用力来避免视觉模型的单个元素之间的碰撞。虽然这有助于查看可视化中的所有圆圈，但它也会创建一些案例其中圆圈没有放置在它们应该在 X 轴的线性刻度上的确切位置。”

或者，类似地，在此 D3 包的注释中：“其他实现使用力布局，但力布局模拟自然会尝试通过沿两个轴推动数据点来达到平衡，这可能会破坏数据的排序。” 这是一个基于 D3 力布局的精彩演示，其中滑块调整将点拉到正确值的相对力。

因此，该图是群体图和小提琴图（显示分布包络的平滑平均值）之间的折衷，但是这两个图都给出了数据的真实表示，并且在这些图中，这些紧密排列的图表示代价是对单个数据点的 x 位置的错误表示。它们的优势似乎是您可以着色并单击各个点（如果您愿意，可以在其中提供实际的 x 数据，尽管在链接图中没有这样做）。

Seaborn小提琴剧情：

就个人而言，我真的很犹豫以某种未知的方式歪曲数据（这是物理引擎计算的结果，但对读者来说并不明显）。也许一个更好的折衷方案是一把充满非圆形补丁的小提琴，或者类似Raincloud 情节的东西。