r - pairwise.wilcox.test 如何绘制结果？

问题描述

我想绘制从成对比较生成的 p.values 的气泡/圆形图。目标是能够直观地识别哪些比较是显着的 p < .05

例如，从 corrplot 生成的那个。我认为这个问题是因为它生成的表不完整，因为它没有完整。例如，对于 5 月至 9 月的比较，表格如下所示。这是我尝试用 corrplot 绘制这个的尝试吗？

 library ( corrplot)
    attach(airquality)
    Month <- factor(Month, labels = month.abb[5:9])
    ## These give warnings because of ties :

    test = pairwise.wilcox.test(Ozone, Month, p.adj = "bonf")
    detach()

    corrplot(as.matrix (test$p.value), 
p.mat = as.matrix (test$p.value) ,  is.corr = FALSE, method = "circle", mar = c(1, 1, 2, 0) )

成对生成的表格如下所示。

> test$p.value
            May       Jun         Jul        Aug
Jun 1.000000000        NA          NA         NA
Jul 0.000299639 0.1413625          NA         NA
Aug 0.001208078 0.2590776 1.000000000         NA
Sep 1.000000000 1.0000000 0.007442604 0.03247955

有没有办法绘制类似于 corrplot 的图？或者任何其他仅显示显着比较的方式都会很棒。

谢谢！

标签： r

正如@dcarlson 所评论的，您的主要问题是显着的 p 值很小，这与corrplot.

所以一个相当简单的技巧是转换 p 值，以便更大的值对应更显着。一种常用的方法是取对数的负数（这很好用，因为所有 p 值都小于 1，所以所有对数（p 值）都是负数）。

my_transformed_pvals=-log10(test$p.value)
corrplot(as.matrix(my_transformed_pvals),is.corr=F)

r - pairwise.wilcox.test 如何绘制结果？

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