r - 为 R 的数据输入而苦苦挣扎

问题描述

这是我的第一篇文章，所以如果有什么不对劲或者我可以如何改进，请告诉我，我对这一切都是新手。例如，我不知道如何为我的数据制作一个合适的表格，所以它在项目符号中。

所以我目前有一个运行 qPCR 的数据输出。我的治疗中感兴趣的基因的相对表达与标准误差、95% 置信区间和 P(H1) 概率结果是偶然的。

Gene      Relative Expression   Standard Error    95% CI    P(H1)
Reference  1.00
Target Gene  0.818               0.548-1.304      0.441-1.370  0.399

我想创建一个条形图，用标准误差条显示我的相对表达式。我过去在使用 R 时遇到过问题，只是想知道是否可以将“0.818 0.548-1.304”保存为 .txt 文件并让 R 以这种方式绘制条形图，使用这些标准误差线？

从大多数研究来看，R 似乎喜欢计算自己的标准误差，所以我想知道是否有一种方法可以将它个性化为我自己的、已经计算好的标准误差？

标签： rggplot2bioinformatics

您可以使用geom_errorbar()来绘制自己的置信区间。

例如（生物信息学不是我的领域，我正在编造东西，对不起：D）：

library(ggplot2)

mydata <- data.frame(gene = c("A", "B", "C"),
                     RE = c(0.818, 0.627, 0.722),
                     CI_low = c(0.548, 0.401, 0.564),
                     CI_high = c(1.304, 1.11, 1.215))

mydata

  gene    RE CI_low CI_high
1    A 0.818  0.548   1.304
2    B 0.627  0.401   1.110
3    C 0.722  0.564   1.215


ggplot(mydata) +
    geom_col(aes(x = gene, y = RE)) +
    geom_errorbar(aes(x = gene, ymin = CI_low, ymax = CI_high))

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