python - 任何建议调整仅由 0 和 1 组成的 3d 图像数组的大小？

Question

我想调整（缩小）脑肿瘤分割的地面真实 3d 图像的大小。

以下是一些 gt + 大脑图像：

Gt 图像是 3d numpy 数组，仅包含 0 和 1 值（只有绿色体素和黑色体素，gt 图像中不包括大脑）。

def resize(img, shape, mode='nearest', orig_shape=None, order=3):
    """
    Wrapper for scipy.ndimage.zoom suited for MRI images.
    """

    if orig_shape == None: orig_shape = img.shape

    assert len(shape) == 3, "Can not have more than 3 dimensions"
    factors = (
        shape[0]/orig_shape[0],
        shape[1]/orig_shape[1], 
        shape[2]/orig_shape[2]
    )

    # Resize to the given shape
    return zoom(img, factors, mode=mode, order=order)

# original shape = (150, 512, 512)
# desired shape = (64, 192, 160)

我使用了 scipy zoom，顺序为 3 和最近模式。调整图像大小后，其中一些还可以，但有些则不行。您可以在上面的第一张和第二张图片中看到问题。肿瘤区域有许多在调整大小之前不存在的孔。第三张图似乎没有问题。

我在缩放功能中修改了一些选项，但没有找到合适的解决方案。请帮我解决这个问题。谢谢你。

标签： pythonnumpyimage-resizingscipy.ndimage