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perl - ViennaRNA 包的 Perl 模块 RNA.pm 是必需的

问题描述

我正在运行一个名为 RNA Framework 的工具包，它需要安装 ViennaRNA。

我已经安装了ViennaRNA 2.4.14运行一个名为的函数rf-fold，但是，我经常收到这个错误：

[!] Error: ViennaRNA package's Perl module RNA.pm is required.

Please ensure that `ViennaRNA package v2.2.0` (or greater) is installed and try again

当我检查丢失的 RNA.pm 模块时，我可以看到它位于以下路径中：

/home/user/ViennaRNA/lib/site_perl/5.28.0/

当我检查我正在使用哪个 Perl（类型：哪个 Perl）时，它给了我：

/home/user/perl5/perlbrew/perls/perl-5.28.0/bin/perl

我尝试了不同的方法来安装 ViennaRNA，包括从官方网站的文件中conda install -c bioconda viennarna编译和安装。ViennaRNA-2.4.14.tar.gz但我无法克服这个错误。

我在这里看到了类似的问题，并且有一个解决方案（https://www.perlmonks.org/?node_id=1052814），但我并不完全理解内容。提前感谢您的帮助，如果这是一个基本问题，我们深表歉意！

标签： perl

解决方案

当您按照此链接ViennaRNA-2.4.14.tar.gz下载并安装时，我认为 RNA.pm 随包一起提供。

所以我发现我的 RNA.pm 在目录中： /share/apps/ViennaRNA-2.1.7/compile-install/lib/site_perl/5.14.2/x86_64-linux-thread-multi/RNA.pm

我修改了 PERL5LIB 环境变量： export PERL5LIB=/share/apps/ViennaRNA-2.1.7/compile-install/lib/

问题解决了！

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