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python - 向 nifti 文件添加维度

问题描述

我有一个形状为 .nii 的 nifti 文件（.nii）(112, 176, 112)。我想为其添加另一个维度，使其变为(112, 176, 112, 3). 当我尝试时，img2 = np.arange(img).reshape(112,176,112,3)我得到一个错误。是否有可能用np.reshape或np.arange或任何其他方式做到这一点？

代码：

import numpy as np
import nibabel as nib

filepath = 'test.nii'  
img = nib.load(filepath)
img = img.get_fdata()

img = np.arange(img).reshape(112,176,112,3)

img = nib.Nifti1Image(img, np.eye(4))
img.get_data_dtype() == np.dtype(np.int16)
img.header.get_xyzt_units()
nib.save(img, 'test_add_channel.nii')

错误：

---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-16-f6f2a2d91a5d> in <module>
      8 print(img.shape)
      9 
---> 10 img2 = np.arange(img).reshape(112,176,112,3)
     11 
     12 img = nib.Nifti1Image(img, np.eye(4))

ValueError: The truth value of an array with more than one element is ambiguous. Use a.any() or a.all()

标签： pythonnumpyreshapeniftinibabel

解决方案

你可以这样做：

import numpy as np

img = np.random.rand(112, 176, 112)  # Your image
new_img = img.reshape((112, 176, 112, -1))  # Shape: (112, 176, 112, 1)
new_img = np.concatenate([new_img, new_img, new_img], axis=3)  # Shape: (112, 176, 112, 3)

可能这是其他更好的方法，但上面的代码为您提供了您想要的输出。

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