r - asmethod(object) 中的错误：文件 ../core/cholmod_dense.c 中的 cholmod 错误“问题太大”，第 105 行

Question

我已经在服务器上运行了我的程序。我认为这是对 R 错误问题的记忆。两个文件太大。D1 是 33694X43632，D2 是 33539X77777。

错误是：

asMethod(object) 中的错误：文件 ../Core/cholmod_dense.c 中的 Cholmod 错误“问题太大”，第 105 行

source('https://raw.githubusercontent.com/jumphone/BEER/master/BEER.R')> colnames(D1)=paste0('D1_', colnames(D1))
> colnames(D2)=paste0('D2_', colnames(D2))
> DATA=.simple_combine(D1,D2)$combine
> BATCH=rep('D2',ncol(DATA))
> BATCH[c(1:ncol(D1))]='D1'
> PosN=apply(DATA,2,.getPos)
> USED=which(PosN>500 & PosN<4000)
> DATA=DATA[,USED]; BATCH=BATCH[USED] 
> mybeer=BEER(DATA, BATCH, GNUM=30, PCNUM=50, ROUND=1, GN=2000, SEED=1, COMBAT=TRUE, RMG=NULL) 
[1] "BEER start!"
[1] "2020-05-29 20:29:47 PDT"
[1] "Group number (GNUM) is:"
[1] 30
[1] "Varible gene number (GN) of each batch is:"
[1] 2000
[1] "ROUND is:"
[1] 1
[1] 1
[1] "D1"
Performing log-normalization
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Calculating gene variances
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Calculating feature variances of standardized and clipped values
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
[1] 2
[1] "D2"
Performing log-normalization
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Calculating gene variances
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Calculating feature variances of standardized and clipped values
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
[1] "Total varible gene number (GN) is:"
[1] 3060
Performing log-normalization
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
 Error in asMethod(object) : 
  Cholmod error 'problem too large' at file ../Core/cholmod_dense.c, line 105 

标签： r