r - 具有 150 个变量的相关矩阵，如何在 R 中将其可视化？

Question

我有一个包含 150 个变量的数据集，我想以某种方式显示一个相关矩阵。我尝试了 corrplot 和许多其他在线建议的方法，但我无法获得不错的输出。你有什么建议吗？

标签： rmatrixcorrelation

Answer 1

也许是这样的？您可以使用 etc 关闭集群，cluster_rows =FALSE您可能需要尝试使标签可见：

library(pheatmap)
dat = matrix(rnorm(10*150),ncol=150)
colnames(dat) = paste0("Var",1:ncol(dat))
COR = cor(dat)
pheatmap(COR,fontsize=4)

我们可以尝试使用数据（基因表达），golub或者您可以从library(multtest)具有某种结构的数据中调用它（因为基因在表达中通常是相关的）。我还提取了 150 个与表型最相关的基因：

load("golub.RData")
topvar = order(abs(cor(t(golub),golub.cl)),decreasing=TRUE)[1:150]
dat = t(golub[topvar,])
colnames(dat) = paste0("Var",1:ncol(dat))
COR = cor(dat)
pheatmap(COR,fontsize=4)

这有点极端，但总的来说，如果有结构，你会从这个可视化中看到它。