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r - 每次我将它编织成pdf时，如何避免rmd文件执行整个R脚本？

问题描述

这是问题：

在file.r 中，我基于一个庞大的数据集进行了广泛的分析。每次我打开文件时，我只需要加载库，一切都准备好了。我不再需要下载我需要的任何数据集输入。

现在我已经创建了一个 RMD file.rmd与 file.r 相同的代码来展示它的发现。我正在尝试预览 pdf 的外观。问题是当我点击“Knit to pdf”时，它会再次开始下载所有的包和数据集。我必须等待几个小时才能看到代码中微小更改的效果。

还有更多：在 R 文件中创建的某些对象根本无法在 rmd 文件中工作。

例如：在 R 文件中我编码： edx2 <- edx2 %>% mutate(timeRr = yearRating - release)

当我尝试在 rmd 文件中运行相同的代码时，我收到消息： Func(x[[i]],...) 中的错误：找不到对象 'timeRr' 调用：f -> scales_add_defaults -> lapply -> fun 两个文件中加载的相同库（r 和 rmd）

我究竟做错了什么？

标签： rr-markdownmarkdownknitr

解决方案

1) 在数据分析（file.R）结束时，将 Notebook 所需的数据保存在 .RDS 文件中。

例如，如果您生成 3 个结果：res1、res2 和 res3

results <- list(res1 = res1, res2 = res2, res3 = res3)
saveRDS(file = 'results.RDS', results)

2）而不是采购分析脚本，只需阅读笔记本（.Rmd）中的结果

data <- readRDS('results.RDS')
# Results available for further use in the Notebook
data$res1
data$res2
data$res3

您使用 edx2 得到的错误可能是由于在生成笔记本期间打开了一个新会话：您确定 file.R 真的生成 edx2，还是仅在您当前的会话中可用？

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