file - 如何正确地将链 ID 添加到我的 pdb 文件中?
问题描述
我正在尝试对我的单链 PDB 文件(长 766 个残基)进行一些分析,但它需要一个链 ID。目前,没有一个。
这是 pdb 文件的片段:
ATOM 1 N MET 1 -69.269 78.953 -91.441 1.00 0.00 N
ATOM 2 CA MET 1 -69.264 78.650 -92.891 1.00 0.00 C
ATOM 4 C MET 1 -69.371 79.939 -93.633 1.00 0.00 C
ATOM 5 O MET 1 -68.379 80.649 -93.799 1.00 0.00 O
ATOM 3 CB MET 1 -70.475 77.774 -93.251 1.00 0.00 C
ATOM 6 CG MET 1 -70.505 76.455 -92.477 1.00 0.00 C
ATOM 7 SD MET 1 -69.115 75.332 -92.806 1.00 0.00 S
ATOM 8 CE MET 1 -69.473 74.270 -91.377 1.00 0.00 C
ATOM 9 N ASP 2 -70.583 80.284 -94.111 1.00 0.00 N
ATOM 10 CA ASP 2 -70.688 81.539 -94.789 1.00 0.00 C
ATOM 12 C ASP 2 -70.661 82.602 -93.737 1.00 0.00 C
ATOM 13 O ASP 2 -71.088 82.377 -92.606 1.00 0.00 O
ATOM 11 CB ASP 2 -71.963 81.733 -95.626 1.00 0.00 C
ATOM 14 CG ASP 2 -71.691 82.908 -96.557 1.00 0.00 C
ATOM 15 OD1 ASP 2 -70.569 82.953 -97.130 1.00 0.00 O
ATOM 16 OD2 ASP 2 -72.598 83.768 -96.717 1.00 0.00 O1-
ATOM 17 N HIS 3 -70.129 83.791 -94.077 1.00 0.00 N
ATOM 18 CA HIS 3 -70.045 84.846 -93.110 1.00 0.00 C
ATOM 20 C HIS 3 -71.342 85.581 -93.094 1.00 0.00 C
ATOM 21 O HIS 3 -72.113 85.574 -94.052 1.00 0.00 O
ATOM 19 CB HIS 3 -68.925 85.865 -93.404 1.00 0.00 C
ATOM 23 CG HIS 3 -68.749 86.908 -92.336 1.00 0.00 C
ATOM 25 CD2 HIS 3 -67.998 86.879 -91.200 1.00 0.00 C
ATOM 22 ND1 HIS 3 -69.357 88.144 -92.351 1.00 0.00 N
ATOM 26 CE1 HIS 3 -68.947 88.797 -91.234 1.00 0.00 C
ATOM 24 NE2 HIS 3 -68.121 88.068 -90.504 1.00 0.00 N
我将链标记为链 A 的最佳方式是什么?
解决方案
这是答案。
我们需要逐行读取文件,并在以 ATOM 开头的每一行的第 22 列中放入一个链。假设文件名为 myfile.pdb,我们试图用字母 A 替换 ATOM 中由 17 个字符分隔的空格。这可以通过一个相对简单的sed
命令来完成。
sed 's/^\(ATOM.\{17\}\) /\1A/' myfile.pdb > newfile.pdb
希望这有帮助!
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