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问题描述

我有 4 个列表:

sorted_six_HUP=     ['CB THR 130 A', 'CG2 THR 130 A', 'OG1 THR 130 A', 'CB PHE 65 A', 'CZ ARG 67 A', 'NE ARG 67 A', 'NH2 ARG 67 A', 'OE2 GLU 155 B', 'O SER 156 B', 'CD1 TYR 157 B', 'CE1 TYR 157 B', 'O TYR 157 B', 'CB PHE 200 B', 'CD2 PHE 200 B', 'CE2 PHE 200 B', 'CG2 THR 202 B', 'OG1 THR 202 B', 'CB TYR 205 B', 'CD1 TYR 205 B', 'CD2 TYR 205 B', 'CE1 TYR 205 B', 'CE2 TYR 205 B', 'CG TYR 205 B', 'CZ TYR 205 B', 'OH TYR 205 B', 'CE1 TYR 97 B', 'OH TYR 97 B', 'CB THR 130 D', 'CG2 THR 130 D', 'OG1 THR 130 D', 'CB PHE 65 D', 'CD1 PHE 65 D', 'CE1 PHE 65 D', 'CZ ARG 67 D', 'NE ARG 67 D', 'NH2 ARG 67 D', 'CD GLU 155 E', 'OE2 GLU 155 E', 'O SER 156 E', 'C TYR 157 E', 'CA TYR 157 E', 'CD1 TYR 157 E', 'CE1 TYR 157 E', 'CZ TYR 157 E', 'O TYR 157 E', 'OH TYR 157 E', 'CB THR 202 E', 'CG2 THR 202 E', 'OG1 THR 202 E', 'CB TYR 205 E', 'CD1 TYR 205 E', 'CD2 TYR 205 E', 'CE1 TYR 205 E', 'CE2 TYR 205 E', 'CG TYR 205 E', 'CZ TYR 205 E', 'OH TYR 97 E']
GABA_sorted_six_HUP= ['CG2 ILE 228 A', 'O ILE 228 A', 'CB LEU 232 A', 'CD1 LEU 232 A', 'CA PRO 233 A', 'CB PRO 233 A', 'CG PRO 233 A', 'O PRO 233 A', 'SD MET 236 A', 'OG1 THR 237 A', 'C MET 261 B', 'CA MET 261 B', 'CB MET 261 B', 'CE MET 261 B', 'O MET 261 B', 'CG2 THR 262 B', 'OG1 THR 262 B', 'CG ASN 265 B', 'ND2 ASN 265 B', 'C LEU 285 B', 'CB LEU 285 B', 'O LEU 285 B', 'CE MET 286 B', 'CG MET 286 B', 'N MET 286 B', 'SD MET 286 B', 'CB PHE 289 B', 'CD1 PHE 289 B', 'CD2 PHE 289 B', 'CE1 PHE 289 B', 'CE2 PHE 289 B', 'CG PHE 289 B', 'CZ PHE 289 B', 'CD1 TYR 58 C', 'CD2 TYR 58 C', 'CE1 TYR 58 C', 'CE2 TYR 58 C', 'CG TYR 58 C', 'CZ TYR 58 C', 'OH TYR 58 C', 'ND2 ASN 60 C', 'CE2 PHE 77 C', 'CZ PHE 77 C', 'CE1 PHE 100 D', 'CZ PHE 100 D', 'CA HIS 102 D', 'CB HIS 102 D', 'CE1 HIS 102 D', 'CG HIS 102 D', 'ND1 HIS 102 D', 'O HIS 102 D', 'O SER 159 D', 'CD1 TYR 160 D', 'CE1 TYR 160 D', 'O TYR 160 D', 'CG1 VAL 203 D', 'O GLN 204 D', 'CA SER 205 D', 'CB SER 205 D', 'OG SER 205 D', 'N SER 206 D', 'CB TYR 210 D', 'CD1 TYR 210 D', 'CD2 TYR 210 D', 'CE1 TYR 210 D', 'CG TYR 210 D', 'O ILE 228 D', 'CB LEU 232 D', 'CD1 LEU 232 D', 'CA PRO 233 D', 'CB PRO 233 D', 'CG PRO 233 D', 'SD MET 236 D', 'CD2 LEU 269 D', 'C MET 261 E', 'CA MET 261 E', 'CB MET 261 E', 'CE MET 261 E', 'O MET 261 E', 'CG2 THR 262 E', 'OG1 THR 262 E', 'CB ASN 265 E', 'CG ASN 265 E', 'ND2 ASN 265 E', 'C LEU 285 E', 'CB LEU 285 E', 'O LEU 285 E', 'CA MET 286 E', 'CG MET 286 E', 'N MET 286 E', 'CB PHE 289 E', 'CD1 PHE 289 E', 'CD2 PHE 289 E', 'CE2 PHE 289 E', 'CG PHE 289 E', 'CZ PHE 289 E']
sorted_six_HUO=      ['CD1 TYR 58 C', 'CD2 TYR 58 C', 'CE1 TYR 58 C', 'CE2 TYR 58 C', 'CG TYR 58 C', 'CZ TYR 58 C', 'OH TYR 58 C', 'OD1 ASN 60 C', 'CE1 PHE 77 C', 'CE2 PHE 77 C', 'CZ PHE 77 C', 'CE1 PHE 100 D', 'CZ PHE 100 D', 'C HIS 102 D', 'CA HIS 102 D', 'CB HIS 102 D', 'CE1 HIS 102 D', 'CG HIS 102 D', 'ND1 HIS 102 D', 'O HIS 102 D', 'O SER 159 D', 'CA TYR 160 D', 'O TYR 160 D', 'CG1 VAL 203 D', 'O GLN 204 D', 'CA SER 205 D', 'CB SER 205 D', 'OG SER 205 D', 'N SER 206 D', 'CB TYR 210 D', 'CD1 TYR 210 D', 'CD2 TYR 210 D', 'CG TYR 210 D']
GABA_sorted_six_HUO: ['CD2 LEU 118 A', 'CB THR 130 A', 'CG2 THR 130 A', 'OG1 THR 130 A', 'CZ ARG 67 A', 'NE ARG 67 A', 'NH2 ARG 67 A', 'CD GLU 155 B', 'OE2 GLU 155 B', 'O SER 156 B', 'CD1 TYR 157 B', 'CE1 TYR 157 B', 'O TYR 157 B', 'CB PHE 200 B', 'CD2 PHE 200 B', 'CE2 PHE 200 B', 'CB THR 202 B', 'CG2 THR 202 B', 'OG1 THR 202 B', 'CD2 TYR 205 B', 'CE2 TYR 205 B', 'CG TYR 205 B', 'CZ TYR 205 B', 'CE1 TYR 97 B', 'CZ TYR 97 B', 'OH TYR 97 B', 'CD2 LEU 118 D', 'CB THR 130 D', 'CG2 THR 130 D', 'OG1 THR 130 D', 'CD ARG 67 D', 'CZ ARG 67 D', 'NE ARG 67 D', 'NH2 ARG 67 D', 'CD GLU 155 E', 'OE2 GLU 155 E', 'O SER 156 E', 'CA TYR 157 E', 'CD1 TYR 157 E', 'CE1 TYR 157 E', 'O TYR 157 E', 'CB PHE 200 E', 'CE2 PHE 200 E', 'CB THR 202 E', 'CG2 THR 202 E', 'OG1 THR 202 E', 'CD2 TYR 205 E', 'CE2 TYR 205 E', 'CZ TYR 205 E', 'CE1 TYR 97 E', 'CZ TYR 97 E', 'OH TYR 97 E']


big_list = [ sorted_six_HUP , GABA_sorted_six_HUP, sorted_six_HUO , GABA_sorted_six_HUO ]

我正在尝试对齐所有列表,以便每个匹配元素在其正下方的列表中都有其匹配项,这使得分析数据变得更加容易,因此我不必寻找和戳戳并花时间尝试查看共性我可以把它们都摆在我面前。

因此,使用排序键来制作上面的初始排序列表和 Pandas 进行对齐,我尝试了这个:

def last(str):
    return str.split()[-1]+str.split()[-2]+str.split()[0] # Returns a string that begins with the letter, followed by the number

sorted_six_HUO          = sorted(benzo_pocket_array_6HUO , key=last)
sorted_six_HUP          = sorted(benzo_pocket_array_6HUP , key=last)
GABA_sorted_six_HUO = sorted(GABA_pocket_array_6HUO, key=last)
GABA_sorted_six_HUP = sorted(GABA_pocket_array_6HUP, key=last)

big_dict = [ {k:k for k in i} for i in big_list]



df = pd.DataFrame(big_dict)
df = df.reindex(sorted(df.columns,key=last), axis = 1)# Sorts the columns by their headers.

df.fillna(value = "             ", inplace = True) # Replaces NaN with "      


这让我得到了一个部分正确的答案,但似乎随着列表继续对齐滑动并倾斜对齐。

['             ', 'CB THR 130 A', 'CG2 THR 130 A', 'OG1 THR 130 A', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB PHE 65 A', 'CZ ARG 67 A', 'NE ARG 67 A', 'NH2 ARG 67 A', '             ', 'OE2 GLU 155 B', 'O SER 156 B', 'CD1 TYR 157 B', 'CE1 TYR 157 B', 'O TYR 157 B', 'CB PHE 200 B', 'CD2 PHE 200 B', 'CE2 PHE 200 B', '             ', 'CG2 THR 202 B', 'OG1 THR 202 B', 'CB TYR 205 B', 'CD1 TYR 205 B', 'CD2 TYR 205 B', 'CE1 TYR 205 B', 'CE2 TYR 205 B', 'CG TYR 205 B', 'CZ TYR 205 B', 'OH TYR 205 B', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CE1 TYR 97 B', '             ', 'OH TYR 97 B', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB THR 130 D', 'CG2 THR 130 D', 'OG1 THR 130 D', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB PHE 65 D', 'CD1 PHE 65 D', 'CE1 PHE 65 D', '             ', 'CZ ARG 67 D', 'NE ARG 67 D', 'NH2 ARG 67 D', 'CD GLU 155 E', 'OE2 GLU 155 E', 'O SER 156 E', 'C TYR 157 E', 'CA TYR 157 E', 'CD1 TYR 157 E', 'CE1 TYR 157 E', 'CZ TYR 157 E', 'O TYR 157 E', 'OH TYR 157 E', '             ', '             ', 'CB THR 202 E', 'CG2 THR 202 E', 'OG1 THR 202 E', 'CB TYR 205 E', 'CD1 TYR 205 E', 'CD2 TYR 205 E', 'CE1 TYR 205 E', 'CE2 TYR 205 E', 'CG TYR 205 E', 'CZ TYR 205 E', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'OH TYR 97 E']
['             ', '             ', '             ', '             ', 'CG2 ILE 228 A', 'O ILE 228 A', 'CB LEU 232 A', 'CD1 LEU 232 A', 'CA PRO 233 A', 'CB PRO 233 A', 'CG PRO 233 A', 'O PRO 233 A', 'SD MET 236 A', 'OG1 THR 237 A', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'C MET 261 B', 'CA MET 261 B', 'CB MET 261 B', 'CE MET 261 B', 'O MET 261 B', 'CG2 THR 262 B', 'OG1 THR 262 B', 'CG ASN 265 B', 'ND2 ASN 265 B', 'C LEU 285 B', 'CB LEU 285 B', 'O LEU 285 B', 'CE MET 286 B', 'CG MET 286 B', 'N MET 286 B', 'SD MET 286 B', 'CB PHE 289 B', 'CD1 PHE 289 B', 'CD2 PHE 289 B', 'CE1 PHE 289 B', 'CE2 PHE 289 B', 'CG PHE 289 B', 'CZ PHE 289 B', '             ', '             ', '             ', 'CD1 TYR 58 C', 'CD2 TYR 58 C', 'CE1 TYR 58 C', 'CE2 TYR 58 C', 'CG TYR 58 C', 'CZ TYR 58 C', 'OH TYR 58 C', 'ND2 ASN 60 C', '             ', '             ', 'CE2 PHE 77 C', 'CZ PHE 77 C', 'CE1 PHE 100 D', 'CZ PHE 100 D', '             ', 'CA HIS 102 D', 'CB HIS 102 D', 'CE1 HIS 102 D', 'CG HIS 102 D', 'ND1 HIS 102 D', 'O HIS 102 D', '             ', '             ', '             ', '             ', 'O SER 159 D', '             ', 'CD1 TYR 160 D', 'CE1 TYR 160 D', 'O TYR 160 D', 'CG1 VAL 203 D', 'O GLN 204 D', 'CA SER 205 D', 'CB SER 205 D', 'OG SER 205 D', 'N SER 206 D', 'CB TYR 210 D', 'CD1 TYR 210 D', 'CD2 TYR 210 D', 'CE1 TYR 210 D', 'CG TYR 210 D', 'O ILE 228 D', 'CB LEU 232 D', 'CD1 LEU 232 D', 'CA PRO 233 D', 'CB PRO 233 D', 'CG PRO 233 D', 'SD MET 236 D', 'CD2 LEU 269 D', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'C MET 261 E', 'CA MET 261 E', 'CB MET 261 E', 'CE MET 261 E', 'O MET 261 E', 'CG2 THR 262 E', 'OG1 THR 262 E', 'CB ASN 265 E', 'CG ASN 265 E', 'ND2 ASN 265 E', 'C LEU 285 E', 'CB LEU 285 E', 'O LEU 285 E', 'CA MET 286 E', 'CG MET 286 E', 'N MET 286 E', 'CB PHE 289 E', 'CD1 PHE 289 E', 'CD2 PHE 289 E', 'CE2 PHE 289 E', 'CG PHE 289 E', 'CZ PHE 289 E', '             ', '             ', '             ']
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['CD2 LEU 118 A', 'CB THR 130 A', 'CG2 THR 130 A', 'OG1 THR 130 A', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CZ ARG 67 A', 'NE ARG 67 A', 'NH2 ARG 67 A', 'CD GLU 155 B', 'OE2 GLU 155 B', 'O SER 156 B', 'CD1 TYR 157 B', 'CE1 TYR 157 B', 'O TYR 157 B', 'CB PHE 200 B', 'CD2 PHE 200 B', 'CE2 PHE 200 B', 'CB THR 202 B', 'CG2 THR 202 B', 'OG1 THR 202 B', '             ', '             ', 'CD2 TYR 205 B', '             ', 'CE2 TYR 205 B', 'CG TYR 205 B', 'CZ TYR 205 B', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CE1 TYR 97 B', 'CZ TYR 97 B', 'OH TYR 97 B', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CD2 LEU 118 D', 'CB THR 130 D', 'CG2 THR 130 D', 'OG1 THR 130 D', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CD ARG 67 D', 'CZ ARG 67 D', 'NE ARG 67 D', 'NH2 ARG 67 D', 'CD GLU 155 E', 'OE2 GLU 155 E', 'O SER 156 E', '             ', 'CA TYR 157 E', 'CD1 TYR 157 E', 'CE1 TYR 157 E', '             ', 'O TYR 157 E', '             ', 'CB PHE 200 E', 'CE2 PHE 200 E', 'CB THR 202 E', 'CG2 THR 202 E', 'OG1 THR 202 E', '             ', '             ', 'CD2 TYR 205 E', '             ', 'CE2 TYR 205 E', '             ', 'CZ TYR 205 E', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CE1 TYR 97 E', 'CZ TYR 97 E', 'OH TYR 97 E']



尤其

 'CD1 TYR 58 C', 'CD2 TYR 58 C', 'CE1 TYR 58 C', 'CE2 TYR 58 C', 'CG TYR 58 C', 'CZ TYR 58 C', 'OH TYR 58 C', 'ND2 ASN 60 C', '           
          ', '             ', 'CD1 TYR 58 C', 'CD2 TYR 58 C', 'CE1 TYR 58 C', 'CE2 TYR 58 C', 'CG TYR 58 C', 'CZ TYR 58 C', 'OH TYR 58 C'
, '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '       

有什么办法可以防止这种对齐滑动?

谢谢!

标签: python

解决方案


您的代码几乎是正确的,只需为每个字符串添加一个填充以使它们完美对齐:

l = [
['             ', 'CB THR 130 A', 'CG2 THR 130 A', 'OG1 THR 130 A', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB PHE 65 A', 'CZ ARG 67 A', 'NE ARG 67 A', 'NH2 ARG 67 A', '             ', 'OE2 GLU 155 B', 'O SER 156 B', 'CD1 TYR 157 B', 'CE1 TYR 157 B', 'O TYR 157 B', 'CB PHE 200 B', 'CD2 PHE 200 B', 'CE2 PHE 200 B', '             ', 'CG2 THR 202 B', 'OG1 THR 202 B', 'CB TYR 205 B', 'CD1 TYR 205 B', 'CD2 TYR 205 B', 'CE1 TYR 205 B', 'CE2 TYR 205 B', 'CG TYR 205 B', 'CZ TYR 205 B', 'OH TYR 205 B', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CE1 TYR 97 B', '             ', 'OH TYR 97 B', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB THR 130 D', 'CG2 THR 130 D', 'OG1 THR 130 D', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB PHE 65 D', 'CD1 PHE 65 D', 'CE1 PHE 65 D', '             ', 'CZ ARG 67 D', 'NE ARG 67 D', 'NH2 ARG 67 D', 'CD GLU 155 E', 'OE2 GLU 155 E', 'O SER 156 E', 'C TYR 157 E', 'CA TYR 157 E', 'CD1 TYR 157 E', 'CE1 TYR 157 E', 'CZ TYR 157 E', 'O TYR 157 E', 'OH TYR 157 E', '             ', '             ', 'CB THR 202 E', 'CG2 THR 202 E', 'OG1 THR 202 E', 'CB TYR 205 E', 'CD1 TYR 205 E', 'CD2 TYR 205 E', 'CE1 TYR 205 E', 'CE2 TYR 205 E', 'CG TYR 205 E', 'CZ TYR 205 E', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'OH TYR 97 E'],
['             ', '             ', '             ', '             ', 'CG2 ILE 228 A', 'O ILE 228 A', 'CB LEU 232 A', 'CD1 LEU 232 A', 'CA PRO 233 A', 'CB PRO 233 A', 'CG PRO 233 A', 'O PRO 233 A', 'SD MET 236 A', 'OG1 THR 237 A', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'C MET 261 B', 'CA MET 261 B', 'CB MET 261 B', 'CE MET 261 B', 'O MET 261 B', 'CG2 THR 262 B', 'OG1 THR 262 B', 'CG ASN 265 B', 'ND2 ASN 265 B', 'C LEU 285 B', 'CB LEU 285 B', 'O LEU 285 B', 'CE MET 286 B', 'CG MET 286 B', 'N MET 286 B', 'SD MET 286 B', 'CB PHE 289 B', 'CD1 PHE 289 B', 'CD2 PHE 289 B', 'CE1 PHE 289 B', 'CE2 PHE 289 B', 'CG PHE 289 B', 'CZ PHE 289 B', '             ', '             ', '             ', 'CD1 TYR 58 C', 'CD2 TYR 58 C', 'CE1 TYR 58 C', 'CE2 TYR 58 C', 'CG TYR 58 C', 'CZ TYR 58 C', 'OH TYR 58 C', 'ND2 ASN 60 C', '             ', '             ', 'CE2 PHE 77 C', 'CZ PHE 77 C', 'CE1 PHE 100 D', 'CZ PHE 100 D', '             ', 'CA HIS 102 D', 'CB HIS 102 D', 'CE1 HIS 102 D', 'CG HIS 102 D', 'ND1 HIS 102 D', 'O HIS 102 D', '             ', '             ', '             ', '             ', 'O SER 159 D', '             ', 'CD1 TYR 160 D', 'CE1 TYR 160 D', 'O TYR 160 D', 'CG1 VAL 203 D', 'O GLN 204 D', 'CA SER 205 D', 'CB SER 205 D', 'OG SER 205 D', 'N SER 206 D', 'CB TYR 210 D', 'CD1 TYR 210 D', 'CD2 TYR 210 D', 'CE1 TYR 210 D', 'CG TYR 210 D', 'O ILE 228 D', 'CB LEU 232 D', 'CD1 LEU 232 D', 'CA PRO 233 D', 'CB PRO 233 D', 'CG PRO 233 D', 'SD MET 236 D', 'CD2 LEU 269 D', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'C MET 261 E', 'CA MET 261 E', 'CB MET 261 E', 'CE MET 261 E', 'O MET 261 E', 'CG2 THR 262 E', 'OG1 THR 262 E', 'CB ASN 265 E', 'CG ASN 265 E', 'ND2 ASN 265 E', 'C LEU 285 E', 'CB LEU 285 E', 'O LEU 285 E', 'CA MET 286 E', 'CG MET 286 E', 'N MET 286 E', 'CB PHE 289 E', 'CD1 PHE 289 E', 'CD2 PHE 289 E', 'CE2 PHE 289 E', 'CG PHE 289 E', 'CZ PHE 289 E', '             ', '             ', '             '],
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['CD2 LEU 118 A', 'CB THR 130 A', 'CG2 THR 130 A', 'OG1 THR 130 A', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CZ ARG 67 A', 'NE ARG 67 A', 'NH2 ARG 67 A', 'CD GLU 155 B', 'OE2 GLU 155 B', 'O SER 156 B', 'CD1 TYR 157 B', 'CE1 TYR 157 B', 'O TYR 157 B', 'CB PHE 200 B', 'CD2 PHE 200 B', 'CE2 PHE 200 B', 'CB THR 202 B', 'CG2 THR 202 B', 'OG1 THR 202 B', '             ', '             ', 'CD2 TYR 205 B', '             ', 'CE2 TYR 205 B', 'CG TYR 205 B', 'CZ TYR 205 B', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CE1 TYR 97 B', 'CZ TYR 97 B', 'OH TYR 97 B', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CD2 LEU 118 D', 'CB THR 130 D', 'CG2 THR 130 D', 'OG1 THR 130 D', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CD ARG 67 D', 'CZ ARG 67 D', 'NE ARG 67 D', 'NH2 ARG 67 D', 'CD GLU 155 E', 'OE2 GLU 155 E', 'O SER 156 E', '             ', 'CA TYR 157 E', 'CD1 TYR 157 E', 'CE1 TYR 157 E', '             ', 'O TYR 157 E', '             ', 'CB PHE 200 E', 'CE2 PHE 200 E', 'CB THR 202 E', 'CG2 THR 202 E', 'OG1 THR 202 E', '             ', '             ', 'CD2 TYR 205 E', '             ', 'CE2 TYR 205 E', '             ', 'CZ TYR 205 E', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CE1 TYR 97 E', 'CZ TYR 97 E', 'OH TYR 97 E']
]

for i in l:
    print([a.ljust(13) for a in i])

输出:

['             ', 'CB THR 130 A ', 'CG2 THR 130 A', 'OG1 THR 130 A', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB PHE 65 A  ', 'CZ ARG 67 A  ', 'NE ARG 67 A  ', 'NH2 ARG 67 A ', '             ', 'OE2 GLU 155 B', 'O SER 156 B  ', 'CD1 TYR 157 B', 'CE1 TYR 157 B', 'O TYR 157 B  ', 'CB PHE 200 B ', 'CD2 PHE 200 B', 'CE2 PHE 200 B', '             ', 'CG2 THR 202 B', 'OG1 THR 202 B', 'CB TYR 205 B ', 'CD1 TYR 205 B', 'CD2 TYR 205 B', 'CE1 TYR 205 B', 'CE2 TYR 205 B', 'CG TYR 205 B ', 'CZ TYR 205 B ', 'OH TYR 205 B ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CE1 TYR 97 B ', '             ', 'OH TYR 97 B  ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB THR 130 D ', 'CG2 THR 130 D', 'OG1 THR 130 D', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'CB PHE 65 D  ', 'CD1 PHE 65 D ', 'CE1 PHE 65 D ', '             ', 'CZ ARG 67 D  ', 'NE ARG 67 D  ', 'NH2 ARG 67 D ', 'CD GLU 155 E ', 'OE2 GLU 155 E', 'O SER 156 E  ', 'C TYR 157 E  ', 'CA TYR 157 E ', 'CD1 TYR 157 E', 'CE1 TYR 157 E', 'CZ TYR 157 E ', 'O TYR 157 E  ', 'OH TYR 157 E ', '             ', '             ', 'CB THR 202 E ', 'CG2 THR 202 E', 'OG1 THR 202 E', 'CB TYR 205 E ', 'CD1 TYR 205 E', 'CD2 TYR 205 E', 'CE1 TYR 205 E', 'CE2 TYR 205 E', 'CG TYR 205 E ', 'CZ TYR 205 E ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', '             ', 'OH TYR 97 E  ']
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