sql - 基于多种条件的生物信息学过滤/选择
问题描述
嗨,我正在尝试选择具有某些 KEGG 途径的不同 OTU,我想知道为什么以下方法不起作用或您推荐什么。我试过 dplyr 并使用=
, !=
,<>
但没有成功。有什么建议吗?
Group1<-sqldf("SELECT DISTINCT OTU FROM 'retro.flux.avg.OTU'
WHERE Pathway IN ('ko00362','ko00625','ko00361','ko00623','ko00622','ko00633','ko00642','ko00626','ko00624')")
AND Pathway IN ('ko02030')")
Group2<-sqldf("SELECT DISTINCT OTU FROM 'retro.flux.avg.OTU'
WHERE Pathway IN ('ko00362','ko00625','ko00361','ko00623','ko00622','ko00633','ko00642','ko00626','ko00624')")
AND Pathway NOT IN ('ko02030')")
Group3<-sqldf("SELECT DISTINCT OTU FROM 'retro.flux.avg.OTU'
WHERE Pathway NOT IN ('ko00362','ko00625','ko00361','ko00623','ko00622','ko00633','ko00642','ko00626','ko00624')")
AND Pathway IN ('ko02030')")
Group4<-sqldf("SELECT DISTINCT OTU FROM 'retro.flux.avg.OTU'
WHERE Pathway NOT IN ('ko02030','ko00362','ko00625','ko00361','ko00623','ko00622','ko00633','ko00642','ko00626','ko00624')")
解决方案
这是我的想法
代替
Group1<-sqldf("SELECT DISTINCT OTU FROM 'retro.flux.avg.OTU'
WHERE Pathway IN ('ko00362','ko00625','ko00361','ko00623','ko00622','ko00633','ko00642','ko00626','ko00624')")
AND Pathway IN ('ko02030')")
只需输入以下内容
删除了额外的 ")
,我注意到查询中还有 1 个错误并修复了它
Group1<-sqldf("SELECT DISTINCT OTU FROM 'retro.flux.avg.OTU'
WHERE Pathway IN ('ko00362','ko00625','ko00361','ko00623','ko00622','ko00633','ko00642','ko00626','ko00624')")
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