r - 如何将 .OUT 文件导入 R?
问题描述
我有一个扩展名为 .OUT 的文件;我似乎无法在保留其原始列分离的情况下将其放入 R 中。
无论如何我可以在不影响其列和行的情况下将其读入 R 吗?
该文件可以在这里找到:http ://www.repeatmasker.org/PreMaskedGenomes.html (“hg19.fa.out.gz”,第一个)
谢谢!
解决方案
为什么不尝试使用 read.fwf 函数:
https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/read.fwf.html
positions <- c(5,11,16,21,34,42,49,60,62,77,97,106,110,117)
widths <- diff(positions)
read.fwf(file='hg19.fa.out', widths=widths)
您可能不得不使用这些(示例)数字,直到您可以在没有截断的情况下阅读。
(另一种选择是使用固定宽度选项将其读入 excel,导出为 csv,然后通过 read.csv 读入 R)
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