r - plotCountDepth R 函数中的问题。如何解决?
问题描述
我正在处理一个名为 GBM 的数据框,其中包含单细胞测量值。所以我依靠 SCnorm 包来处理规范化过程并预先检查我的数据。我正在使用(plotCountDepth 函数)
这是我的管道:
sce <- SingleCellExperiment::SingleCellExperiment(assays = list('counts' = GBM))
sce <- plotCountDepth(Data = sce,
Conditions = Label,
FilterCellProportion = .1,
NCores = 3)
我真的不明白为什么我继续返回此错误
colSums(Data[, which(Conditions == Levels[x])]) 中的错误:'x' 必须是至少二维的数组
即使我应用在BioConductor中找到的相同标准
为您提供主要信息 Label 是一个与 GBM 相同维度的向量,它是一个矩阵 G x S,包含一系列标签来区分每个细胞组。
先感谢您
PS:GBM 是一个矩阵,其中的列由不同的单元格名称命名,而行当然是基因
解决方案
正如小插曲所说:
数据:可以是单细胞表达矩阵,其中行是基因,列是样本。基因名称不应是此矩阵中的一列,而应分配给 rownames(Data)。
下面我提供了一个最小的工作示例,我建议您检查是否正确指定了行名:
library(SingleCellExperiment)
library(SCnorm)
GBM = matrix(rpois(10000,20),ncol=50)
rownames(GBM) = paste0("Gene",1:200)
colnames(GBM) = paste0("Sample",1:50)
Label=rep(c("X","Y"),each=25)
sce <- SingleCellExperiment(assays = list('counts' = GBM))
此函数有效,但编写得不是很好,因为它打印出 ggplot 对象但无法存储它:
plt <- plotCountDepth(Data = sce,Conditions = Label,
FilterCellProportion = .1,NCores = 3)
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