snakemake - shell: 和 run: 都可以在一个规则中使用吗？

Question

我相当肯定标题的答案是“不”。但是，我想要一些建议，因为我无法优雅地解决这个看似简单的问题。这是我想在一个在 Linux 和 Windows中未经修改的规则中做的事情：

1. 运行一个 shell 命令，该命令会生成某个目录作为其输出的一部分。shell 命令的名称在 Linux 和 Windows 中是相同的，所以它在两个地方都可以正常工作。
2. 使用 pathlib 或其他一些 Python 模块重命名目录，以便它在 Linux 和 Windows 中透明地工作。

而已！

这是我已经想出的，我不想做的，因为它们看起来很笨重：

1. 运行可执行文件并在 shell 中进行重命名。为此，我需要根据我所在的平台制作自定义命令行。（Linux 'mv' 与 Windows 'rename'）哎呀。
2. 制定另一个自动运行的规则，并在此规则之后进行重命名。这有点好，但似乎仍然不“正确”。

我敢打赌有一个优雅的解决方案，但它是什么？

标签： snakemake

Answer 1

是的。根据用例的不同，有两种方法可以在 shell 中执行命令：

• 规则中的shell:一行。不能与其他 Python 代码结合使用。
• shell()可与规则run:行中的其他 Python 代码一起使用的命令