gsub - 如何使用 gsub() 重命名 df 中的变量？

Question

我正在尝试重命名丰度矩阵中的分类群注释以创建气泡图（原始数据 16S MiSeq）。我的数据框“data_melt”如下所示：

而且我希望将“变量”列中的分类群 ID 重命名为简单的姓氏（类级别）。例如：“D_0__Archaea.D_1__Altiarchaeota.D_2__Altiarchaeia”到“Altiarchaeia”。

我尝试过

data_melt$variable <- gsub("D_0__[A-z].D_1__[A-z].D_2__", "", data_melt$variable)

无济于事。我在其他数据集上成功使用了这行代码，但是“data_melt”没有变化。甚至没有任何警告/错误消息。有任何想法吗？

先感谢您，

Ĵ

标签： gsub

Answer 1

您可以通过替换来修复您的[A-z].方法[A-Za-z]+\\.：

data_melt$variable <- sub("D_0__[A-Za-z]+\\.D_1__[A-Za-z]+\\D_2__", "", data_melt$variable)

匹配的[A-z] 不仅仅是字母，还.匹配任何字符，而您想匹配文字点。当点被转义时，它只匹配一个文字点。

但是，您可以通过删除最后一个下划线（包括最后一个下划线）来解决问题：

sub(".*_", "", data_melt$variable)

请注意，您可以使用sub您希望更换的产品。