conda - 在 Windows 上的 conda 环境中执行 snakemake 规则

Question

我在 Windows 上使用了最新版本的 Miniconda ( Miniconda3-py37_4.8.3-Windows-x86_64 ) 在单独的 conda 环境 ( snakemake-minimal=5.19.2 , python=3.8.3 ) 中安装snakemake。通过这个设置，我尝试运行一个蛇形工作流，它为每个规则使用单独的 conda 环境。工作流程本身在 Ubuntu 上进行了测试，并且在那里运行良好。

但是，在上述 Windows 设置上运行时，我遇到了几个问题。在研究这些问题时，我偶然发现了一些snakemake/deployment/conda.py似乎与 Windows 不兼容的东西。我找到了 2 个示例，但我很确定还有更多示例：

• 第 301 到 305 行：这里使用可选的and标记conda env create调用。在 Windows 上，它们的参数需要用双引号而不是单引号括起来。例如，第 304 行应为.--file--prefix"--file \"{}\"".format(target_env_file)
• 第 460 行使用该source命令激活 conda 环境，显然与默认的 Windows 设置不兼容。

基于这些观察，我得出的结论是，Windows 目前不支持在单独的 conda 环境中运行 snakemake 规则。然而，令我惊讶的是，我在文档或其他任何地方都没有提到这一点。我在这里错过了什么吗？我知道我可以使用例如 WSL 使其在 Windows 上运行，但是还有一种方法可以在“本机”Windows 设置中运行它吗？

标签： condasnakemake