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r - 在 RMarkdown 中使用用户输入重复块

问题描述

我正在尝试制作一个自动化脚本来分析 Sanger 测序数据。我的最终目标是将我的 R 脚本转换为可编织的 R Markdown 文件，显示色谱图等等。我目前在过渡到 R Markdown 文件时挂断的是在重复循环中使用用户输入。我知道在编织时 readline 命令不起作用，因为这不是一个交互式过程。据我了解，在编织时接收用户输入的唯一方法是使用参数。但是，我当前脚本的性质是，用户指定正在分析的文件数量，然后决定执行某些循环的次数。可以想象，缺少用户输入会导致无限循环。这是我当前脚本中的一个示例，在 RStudio 中运行得很好：

# install.packages("BiocManager")
# BiocManager::install("sangerseqR")
# BiocManager::install("Biostrings")

library(BiocManager)
library(sangerseqR)
library(Biostrings)

refnum <- readline(prompt = "Enter Number of Reference Files to be aligned: ")
refnum <- as.integer(refnum)
c <- 1
repeat{
  # Compiles reference files
  repeat{
    wtreffile <- readline(prompt = paste("Enter WT Reference File ", c, ": ", sep = ""))
    if (!file.exists(wtreffile)) {
      message("File Does Not Exist. Please Re-Enter.")
    } else {
      break
    }}
  repeat{
    insreffile <- readline(prompt = paste("Enter INS/DEL/MUT Reference File ", c, ": ", sep = ""))
    if (!file.exists(insreffile)) {
      message("File Does Not Exist. Please Re-Enter.")
    } else {
      break
    }}
  # Reads sequence from reference files and writes it as a DNAString object to be used for alignment
  wt <- readDNAStringSet(wtreffile, format = "fasta", nrec = 1L, skip = 0L, seek.first.rec = TRUE)
  ins <- readDNAStringSet(insreffile, format = "fasta", nrec = 1L, skip = 0L, seek.first.rec = TRUE)
  # Aligns wild type and insert reference files pairwise
  pa <-pairwiseAlignment(pattern = ins, subject = wt)
  pafile <- readline(prompt = paste("Enter name for reference alignment of ", wtreffile, " and ", insreffile, ": ", sep = ""))
  writePairwiseAlignments(pa, file = pafile)
  c <- c + 1
  if (c > refnum / 2) {
    break
  }
}

正如你可能看到的，这个块重复的次数完全取决于用户输入。我的大问题是是否有可能使用参数在 RMarkdown 中完成相同的任务（允许用户指定要使用的文件数量并根据该数量选择要使用的文件），或者我是否必须牺牲一些自动化有利于用户定制。是否可以根据其他参数的输入在 RMarkdown 中创建参数？让我知道是否需要清理并提前感谢！！！

标签： rr-markdown

解决方案

扩展我的评论，如果您不需要交互性rmarkdown::render，显然您也可以将所选参数传递给常规 R 脚本。

这是一个简单的示例，将参数传递x给fn报告：

这是report.rmd保存在工作目录中的报告文件：

title: "Report"
output: pdf_document
params:
  x: NA
  fn: NA
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Plot with parameters passed from R script

The red line shows the `r params$fn` of the distribution.

```{r plot, echo=FALSE}
x <- params$x
fn <- params$fn

set.seed(1)
df <- rnorm(100)
plot(density(df))
if(x!="NA") abline(v=x, col="red") 

# in this example, it would make more sense to pass the function, not `x`:
# if(x!="NA") abline(v=do.call(fn, list(df)), col="red") 
```

这是在 R 脚本中将参数传递给报告的地方：

tempReport <- file.path(tempdir(), "report.Rmd")
file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

# parameters passed to report:
params <- list(x = 0.3, fn = "mean") 
rmarkdown::render(tempReport, output_file = "~/Downloads/new.report.pdf", run_pandoc=TRUE,
                  params = params, output_format="pdf_document", clean=FALSE,
                  envir = new.env(parent = globalenv())
)

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