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r - 如何在R中按组绘制二进制数据和颜色存在

问题描述

我是 R 初学者，我正在尝试绘制简单的存在/不存在二进制数据。我到处搜索，但我无法确定是否可以通过分组/元数据为绘图着色。到目前为止，我有一个带有 ggplot 的简单绘图，代码如下：

我的数据如下所示：

当前数据

library(ggplot2)
data <- read.csv("resistance.csv", row.names=1)
data_matrix <- data.matrix(data)
mybinarymap <- heatmap(data_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = c("white","black"))

这是情节：

二元图

但是，我想将图块更改为由基因所属的“类”着色，例如额外的数据如下所示：

带有元数据的数据格式

如果值为 0，则将有一个白色/无颜色的图块，如果存在基因，则该块将被着色，颜色由“类”列确定。任何人都可以帮助或建议其他软件包吗？UpSetR 似乎没有按我的要求做。我假设我将不得不做一些重塑。谢谢你的帮助。

标签： rbinaryheatmap

解决方案

您可以在 中完成所有这些操作ggplot2，只需一点帮助reshape2即可将您的数据转换为长格式。在这里，我假设您有一个名为的数据框data，看起来像您的第二个数据图像。由于您没有制作可重现的示例，因此我不得不将您的图像通过 OCR 重新创建您的数据，因此它可能并不完全准确：

library(ggplot2)
library(reshape2)

ggplot(melt(data), aes(gene, variable, fill = Class, alpha = value)) + 
  geom_tile(colour = "gray50") +
  scale_alpha_identity(guide = "none") +
  coord_equal(expand = 0) +
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

数据

data <- structure(list(gene = c("aadAl", "aadAS", "aph(3\")-lb", "aph(6)-ld", 
"blaCTX-M-27", "blaOXA-1", "erm(B)", "mdf(A)", "mph(A)", "catAl"
), Class = c("Aminoglycoside", "Aminoglycoside", "Aminoglycoside", 
"Aminoglycoside", "Beta-lactam", "Beta-lactam", "Macrolide", "Macrolide", 
"Macrolide", "Tetracycline"), X598080 = c(1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 
 0L, 1L, 1L, 1L, 0L), X607387 = c(1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
1L, 0L, 0L), X888048 = c(1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L), X893916 = c(0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L)), class = "data.frame",
row.names = c(NA, -10L))

data
#>           gene          Class X598080 X607387 X888048 X893916
#> 1        aadAl Aminoglycoside       1       1       1       0
#> 2        aadAS Aminoglycoside       0       0       0       1
#> 3   aph(3")-lb Aminoglycoside       1       1       0       0
#> 4    aph(6)-ld Aminoglycoside       1       1       0       0
#> 5  blaCTX-M-27    Beta-lactam       1       1       0       1
#> 6     blaOXA-1    Beta-lactam       0       0       1       0
#> 7       erm(B)      Macrolide       1       0       1       1
#> 8       mdf(A)      Macrolide       1       1       1       1
#> 9       mph(A)      Macrolide       1       0       1       1
#> 10       catAl   Tetracycline       0       0       1       0

由reprex 包（v0.3.0）于 2020 年 7 月 13 日创建

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