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r - 为R中的集成Seurat对象创建层次聚类树状图？

问题描述

有谁知道如何为集成的 Seurat 对象创建树状图。我可以为非集成对象执行此操作，但是当我尝试时：

immune.combined <- BuildClusterTree(object = immune.combined, slot = "data")

我看到了错误：

Error in hclust(d = data.dist) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 10)

标签： rhierarchical-clusteringdendrogramseurat

解决方案

如果您遵循正常的 Seurat 工作流程，在某些时候您会将默认检测更改为“RNA”。查看 BuildClusterTree 的源代码，它使用了所选分析中变化最大的特征（您所选分析下的大型 Seurat 对象中的 var.features）。对于集成工作流程，您只计算了“集成”分析的这些值，而不是 RNA 分析。因此，您需要对综合分析进行分析。这将意味着这样的事情：

sampleIntegrated <- BuildClusterTree(sampleIntegrated,assay="integrated")

由于某种原因不起作用，并且产生了相同的错误。但是，如果您首先将默认检测明确设置为集成，则它可以工作：

DefaultAssay(sampleIntegrated) <- "integrated"
sampleIntegrated <- BuildClusterTree(sampleIntegrated,assay="integrated")

然后，您可以使用您选择的可视化方法。例如，使用 Seurat 的 ggtree 包和工具：

library(ggtree)
myPhyTree <- Tool(object=sampleIntegrated, slot = "BuildClusterTree")
ggtree(myPhyTree)+geom_tiplab()+theme_tree()+xlim(NA,400)

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