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vegan - 素食包装中的 NMDS

问题描述

我试图让 NMDS-plot 在 Vegan 包中工作时遇到了一些问题。我收到这条消息：

stressplot.default(df) 中的错误：只能用于与 MASS::isoMDS 结果兼容的对象

结果对我来说看起来很奇怪；什么可能导致这个问题？

情节的结果

library(vegan)

df <- matrix(c(0, 1, 0, 148, 190, 134, 186, 17, 9, 0, 9, 0, 0, 0, 1, 34, 115, 41, 9, 1, 1, 2, 0, 1,1, 0, 0, 29, 73, 18, 4, 3, 1, 0, 2, 0),ncol=12,byrow=TRUE)
colnames(df) <- c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4", "sp5", "sp6", "sp7", "sp8", "sp9", "sp10", "sp11", "sp12")
rownames(df) <- c("site1","site2","site3")
df_NMDS <- metaMDS(df, distance = "bray", autotransform = FALSE)
plot(df)
stressplot(df)

标签： vegan

解决方案

您实际上是在尝试绘制数据框。相反，您应该绘制 metaMDS 结果。

plot(df_NMDS)
stressplot(df_NMDS)

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