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cluster-analysis - RNAseq 生物复制在 PCA 图中不聚集

问题描述

我有来自 4 个样本的 RNAseq 数据，每个样本有 3 个生物学重复。我目前正在尝试使用 DESeq2 进行差异表达分析，但是当我制作 PCA 图或相关热图时，生物复制不会聚集在一起。这是我第一次使用 RNASeq 分析，所以不确定最好的前进路线是什么？如果可能的话，我想避免用新样品重复实验！

我在 DESeq2 之前的管道如下：

FastQC 质量检查 -> Trimmomatic -> Kallisto

我使用 tximport 将 kallisto 文件转换为适合 DESeq2 的格式

使用 rlog 转换数据的 PCA 图

标签： cluster-analysispcarna-seq

解决方案

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