时间戳

首页 > 解决方案 > 混合模型的残差建模：除了 nlme 之外的任何其他软件包？

r - 混合模型的残差建模：除了 nlme 之外的任何其他软件包？

问题描述

除了 R function nlme::lme()，我想知道我还能如何对 Level-1 残差方差-协方差结构进行建模？

附言。我的搜索显示我可以使用glmmTMB包，但它似乎不是关于 1 级残差，而是随机效应本身（见下面的代码）。

glmmTMB::glmmTMB(y ~ times + ar1(times | subjects), data = data) ## DON'T RUN

nlme::lme    (y ~ times, random = ~ times | subjects,
     correlation = corAR1(), data = data) ## DON'T RUN

标签： rregressionlme4mixed-modelsnlme

解决方案

glmmTMB可以有效地用于对 1 级残差进行建模，方法是向模型添加观察级随机效应（并在必要时通过 抑制 1 级方差dispformula ~ 0。例如，比较相同的拟合lme和glmmTMB：

library(glmmTMB)
library(nlme)

data("sleepstudy" ,package="lme4")
ss <- sleepstudy
ss$times <- factor(ss$Days)  ## needed for glmmTMB

我最初尝试过，random = ~Days|Subject但既不满意lme也glmmTMB不满意（过度拟合）：

lme1 <- lme(Reaction ~ Days, random = ~1|Subject,
            correlation=corAR1(form=~Days|Subject), data=ss)

m1 <- glmmTMB(Reaction ~ Days + (1|Subject) +
                  ar1(times + 0 | Subject),
              dispformula=~0,
              data=ss,
              REML=TRUE,
              start=list(theta=c(4,4,1)))

不幸的是，为了得到一个好的答案，glmmTMB我确实必须调整起始值......

推荐阅读