r - 替换 FASTA 文件中的核苷酸

Question

我正在尝试使用从 gnoMAD 中提取的 CSV 文件为基因的每个变体制作 fasta 文件。在这个函数中，x 是一个包含每个变体坐标的列表，Y 是使用 seqinr 库中的 read.fasta 函数打开的 fasta 文件，data 是我从 gnomAD 下载的文件。我在使用最后一个 if 语句时遇到问题，应该管理 SNV。由于某种原因，不是在指定位置插入核苷酸，而是在 fasta 文件的末尾连接该值。我已经阅读了该库的文档，但没有找到有关 fasta 文件的内部表示的任何信息。输出示例：

t" "t" "g" "c" "t" "c" "a" "c" "a" "g" "t" "g" "t" "t" "t" "g" 
                                                                                
"a" "g" "c" "a" "g" "t" "g" "c" "t" "g" "a" "g" "c" "a" "c" "a" "a" "a" "g" "c" 
                                                                                
"a" "g" "a" "c" "a" "c" "t" "c" "a" "a" "t" "a" "a" "a" "t" "g" "c" "t" "a" "g" 
                                                  9 
"a" "t" "t" "t" "a" "c" "a" "c" "a" "c" "t" "c" "C"

索引为 9 的 C 应位于序列的第九位

files<-function(x,y,data){
    test<-str_detect(data[ ,"Consequence"],"[del]")
    names<-paste(data[ ,"Chromosome"],data[ ,"Position"],data[ ,"Reference"],data[ ,"Alternate"],"ACE2",sep="-")
    for (j in 1:length(x)){
        copy<-y
        if(length(x[[j]])!=1 && test[j]==TRUE){
            for(i in x[[j]][1]:x[[j]][2]){
                copy[[1]][i]<-NA
            }
            copy<-copy[[1]][!is.na(copy[[1]])]
        }
        if(length(x[[j]])==1 && test[j]==TRUE){
            copy[[1]][x[[j]][1]]<-NA
            copy<-copy[[1]][!is.na(copy[[1]])]
        }
        if(test[j]==FALSE){
            n<-x[[j]][1]
            copy[[1]][n]<-complementary(data[j,"Alternate"])
            print(copy[[1]][n]) 
        }
    putz<-paste(names[j],"fasta",sep=".")
    write.fasta(copy,names[j],putz)
}
}

标签： rfunctionbioinformaticsfasta