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r - 代码块以交互方式在 R markdown 文件中工作，但当我使用 bookdown “构建书籍”时则不行

问题描述

我正在使用 bookdown 包编写电子书。我已经读了大约 31 章，到目前为止，我遇到的问题很少。我的一章 Rmd 文件包括以下代码块：

library(dplyr)

set.seed(123)
df <- tibble(
  x = rnorm(10),
  y = rnorm(10),
  z = rnorm(10)
) %>% 
  print()

df %>%
  summarise(
    across(
      .cols  = everything(),
      .fns   = mean,
      .names = "{col}_mean"
    )
  )

当我以交互方式运行代码块时，它们会毫无问题地产生预期的结果。但是，当我单击“Build Book”按钮时，出现以下错误：

Quitting from lines 10530-10538 (Book.Rmd) 

Error: Problem with `summarise()` input `..1`.
x Problem with `across()` input `.fns`.
ℹ Input `.fns` must be NULL, a function, a formula, or a list of functions/formulas.
ℹ Input `..1` is `across(.cols = everything(), .fns = mean, .names = "{col}_mean")`.
Backtrace:
     █
  1. ├─rmarkdown::render_site(output_format = "bookdown::gitbook", encoding = "UTF-8")
  2. │ └─generator$render(...)
  3. │   ├─xfun::in_dir(...)
  4. │   └─bookdown:::render_book_script(output_format, envir, quiet)
  5. │     └─bookdown::render_book(...)
  6. │       └─bookdown:::render_cur_session(...)
  7. │         └─rmarkdown::render(...)
  8. │           └─knitr::knit(knit_input, knit_output, envir = envir, quiet = quiet)
  9. │             └─knitr:::process_file(text, output)
 10. │               ├─base::withCallingHandlers(...)
 11. │               ├─knitr:::process_group(group)
 12. │               └─knitr:::process_group.block(gr
Execution halted

Exited with status 1.

这是我的会话信息：

R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.6

Matrix products: default
BLAS:   /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.4.6     bookdown_0.20    tidyr_1.1.0      crayon_1.3.4    
 [5] digest_0.6.25    dplyr_1.0.1      R6_2.4.1         lifecycle_0.2.0 
 [9] magrittr_1.5     evaluate_0.14    pillar_1.4.4     rlang_0.4.7     
[13] rstudioapi_0.11  ellipsis_0.3.1   vctrs_0.3.2      generics_0.0.2  
[17] rmarkdown_2.1    tools_4.0.2      glue_1.4.1       purrr_0.3.4     
[21] xfun_0.13        yaml_2.2.1       compiler_4.0.2   pkgconfig_2.0.3 
[25] htmltools_0.4.0  tidyselect_1.1.0 knitr_1.28       tibble_3.0.1

有人知道这是怎么回事吗？

标签： rdplyrbookdown

解决方案

如果我设置

mean <- 3

在以交互方式运行您的代码块之前，我得到了您所看到的错误。您可能已经mean在一些早期的代码块中用作变量名。您可以通过将代码编写为来强制它使用该功能

df %>%
  summarise(
    across(
      .cols  = everything(),
      .fns   = base::mean,
      .names = "{col}_mean"
    )
  )

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