r - R：错误：使用 RadAR 包时未为此 S4 类定义 $ 运算符

Question

我正在尝试使用放射组学可视化从 CT 扫描数据集中提取的特征。我使用 Pyradiomics 库提取了特征，现在我有一些.csv文件。

我找到了这个R 库，它可以读取数据集并为其生成图像。使用命令按计划读取数据集input = import_pyradiomics(dir = "/path/to/datadir")，但是当我尝试使用例如plot_correlation_matrix(rdr = input, view_as = "heatmap")可视化函数之一对其进行可视化时，出现以下错误：

Error: $ operator not defined for this S4 class

我阅读了有关 S3 和 S4 类的信息，并且我认为库中的 [第 160 行] 是在尝试调用此“$”运算符时首先发生此错误的地方。我目前使用的是 R 版本 4.0.2。在我看来，这个问题是由这个 R 库依赖于旧版本的 R 引起的，但它是相对最新的。我可以做些什么来解决这个问题？我是否必须进入并手动更改库中的代码？还是有更简单的解决方法，例如将 S4 类转换为 S3 类？我觉得我错过了一个简单的解决方案，因为我不熟悉 R。

我在这里找到了一个类似的问题，但它没有回答我的具体问题。不幸的是，有关此主题的其他问题的答案对我也不起作用。

标签： rdata-visualizations4

Answer 1

我是 RadAR 的开发者，感谢您对我们的软件包感兴趣。该问题可能与使用不同版本的 SummarizedExperiment R 包有关。该错误现已修复。您可以从https://github.com/cgplab/RadAR重新安装新版本的 RadAR 。有关 RadAR 的任何问题，请参阅 RadAR github 页面的“问题”部分。