snakemake - 如何让snakemake重建丢失的输入？

Question

在缺少输入的情况下，snakemake 有没有办法表现得像 make 一样？snakemake 的当前行为是错误还是功能？

$ ls
b  Makefile  Snakefile

$ cat Makefile
b: a
    touch b
a:
    touch a

$ make -n
touch a
touch b


$ cat Snakefile
rule b:
   input: "a"
   output: touch("b")

rule a:
   output: touch("a")


$ snakemake -n
Building DAG of jobs...
Nothing to be done.

$ snakemake -v
5.20.1

标签： snakemake

Answer 1

在您的情况下，a仅生成中间输出b。由于b已经存在，因此 Snakefile 将什么也不做。

您可以使用-F参数调用snakemake来重做中间步骤

snakemake -n -F

或定义一个目标规则，其中a和b都被指定为最终输出

rule all:
   input: "a", "b"

rule b:
   input: "a"
   output: touch("b")

rule a:
   output: touch("a")