时间戳

首页 > 解决方案 > 带有 numba 的 Scipy 特殊功能

python - 带有 numba 的 Scipy 特殊功能

问题描述

此代码失败：

import numpy as np
from numba import jit
import scipy.special as sp

@jit(nopython=True)
def f(a):
    return sp.xlogy(a, a)
  

a = np.array([1,2,0,1], dtype=float)
f(a)

它给出了以下错误

TypingError: Failed in nopython mode pipeline (step: nopython frontend)
Unknown attribute 'xlogy' of type Module(<module 'scipy.special' from '/home/yair/.local/lib/python3.8/site-packages/scipy/special/__init__.py'>)

但是，我相信它应该可以工作，因为它在这里说xlogy可能会超载。2015 年的回答说这无法完成（对于其他一些功能），但也许我认为它改变了。

当然，我可以自己实现它，但最好使用已知的解决方案。

编辑：根据 Andras Deak 在下面的建议，我尝试使用numba-scipy. 我无法让它工作，并希望有一些使用示例。这是我的尝试-它们都失败了，请参阅下面的错误：

import numpy as np
from numba import jit
import numba_scipy
import scipy as sp
from scipy import special as spc

@jit(nopython=True)
def f1(a):
    return numba_scipy.special.xlogy(a,a)

@jit(nopython=True)
def f2(a):
    return numba_scipy.xlogy(a,a)


@jit(nopython=True)
def f3(a):
    return sp.special.xlogy(a,a)

@jit(nopython=True)
def f4(a):
    return spc.xlogy(a,a)


a = np.array([0,1,2])

try:
    f1(a)
except Exception as e:
    print('f1 fails')
    print(e)

try:
    f2(a)
except Exception as e:
    print('f2 fails')
    print(e)

try:
    f3(a)
except Exception as e:
    print('f3 fails')
    print(e)

try:
    f4(a)
except Exception as e:
    print('f4 fails')
    print(e)

完整的错误信息：

/home/yair/.local/lib/python3.8/site-packages/numba/core/dispatcher.py:238: UserWarning: Numba extension module 'numba_scipy' failed to load due to 'ValueError(No function '__pyx_fuse_0pdtr' found in __pyx_capi__ of 'scipy.special.cython_special')'.
  entrypoints.init_all()
f1 fails
Failed in nopython mode pipeline (step: nopython rewrites)
module 'numba_scipy' has no attribute 'special'
f2 fails
Failed in nopython mode pipeline (step: nopython rewrites)
module 'numba_scipy' has no attribute 'xlogy'
f3 fails
Failed in nopython mode pipeline (step: nopython frontend)
Unknown attribute 'xlogy' of type Module(<module 'scipy.special' from '/home/yair/.local/lib/python3.8/site-packages/scipy/special/__init__.py'>)

File "example.py", line 19:
    def f3(a):
        return sp.special.xlogy(a,a)
        ^

During: typing of get attribute at example.py (19)

File "example.py", line 19:
    def f3(a):
        return sp.special.xlogy(a,a)
        ^

f4 fails
Failed in nopython mode pipeline (step: nopython frontend)
Unknown attribute 'xlogy' of type Module(<module 'scipy.special' from '/home/yair/.local/lib/python3.8/site-packages/scipy/special/__init__.py'>)

File "example.py", line 23:
    def f4(a):
        return spc.xlogy(a,a)
        ^

During: typing of get attribute at example.py (23)

File "example.py", line 23:
    def f4(a):
        return spc.xlogy(a,a)
        ^

标签： pythonpython-3.xscipyjitnumba

解决方案

由于您根据评论遇到安装问题，因此我特别建议使用numba-scipy代替 numba 本身的创建者（指向 pypi 的链接）。对包使用第一方扩展总是一个好主意。

您链接的文档 与numba_special. 如果您查看主页，您将看到第一个示例：

>>> import numba
>>> import scipy.special as sc
>>> import numba_special  # The import generates Numba overloads for special
>>> @numba.njit
... def gamma_plus_1(x):
...     return sc.gamma(x) + 1.0
...
>>> gamma_plus_1(5.0)
25.0

请注意import numba_special您缺少的行。

您还必须先安装numba-special。另请注意项目页面上的警告：

安装

Numba 特殊依赖于 SciPy 和 Numba。在 Numba 版本中包含此问题的修复之前，必须针对 Numba 的主分支安装 numba_special。

推荐阅读