r - igraph 对象可以有有向和无向边吗?
问题描述
我正在尝试使用 igraph/ggraph 绘制一个网络,其中一些边缘是有向的,而另一些则不是。
我的边缘列表中的一个小例子。在这里,蛋白质位点边缘是我想要表示为无向的,而磷酸化边缘是有向的。
df <- data.frame(
stringsAsFactors = FALSE,
from = c("RPS6KA3", "RPS6KA3", "RPS6KA3", "RPS6KA3", "RPS6KA3"),
to = c("RPS6KA3_Y529-p",
"RPS6KA3_S227-p","RPS6KA3_S369-p","RPS6KA3_T577-p","ATF4"),
action = c("protein-site","protein-site",
"protein-site","protein-site","phosphorylation")
)
我已经尝试对无向边进行子集化并指定它们,但它没有用:
library(igraph)
nw <- graph_from_data_frame(df)
E(nw)[E(nw)$action == "protein-site"] <- as.undirected(subgraph.edges(nw, E(nw)[E(nw)$action == "protein-site"] ))
有没有人有任何其他建议?正如我所说,我真的只想绘制这个(使用 ggraph)。
谢谢!
解决方案
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