r - R/RStudio 无法运行，出现循环 socketConnection 错误

Question

几天前，我在 R 中使用“brms”运行模型时出错，表示我的后验样本不存在。进一步阅读后，这些链接（1、2、3、4）让我认为在使用我的 macOS（Catalina 10.15.6）时这是一个问题。我按照他们的指示，即：

-更新包 Rcpp、rstan、arm 和 brms

-按照这些解决方法说明更改 stan 的“并行”设置：https ://github.com/rstudio/rstudio/issues/6692

-更新了 R 和 RStudio，因为据说这个问题几个月前已经用 R 4.0 修复了

-更新了 XCode 11、Quartz 11、GNU Fortran 8.2

-更新了最新的 macOS Catalina 错误修复

-ran sudo rm -rf [path to R] 卸载 R

-尝试彻底卸载所有 R 和 RStudio 文件，包括删除我的 Library/Frameworks 文件夹中的文件、Library/Preferences 中的任何 .plist 文件以及任何 .Rprofile、.Rscript、.Rapp、.Rhistory 或 .Renvirons文件

- 重启后重新安装 R 和 RStudio

现在，我没有从“白板”开始，而是经历了一些超级奇怪的行为。首先，RStudio 在一个完全白色的空白屏幕上打开并且永远不会加载。其次，当我尝试通过终端或使用 R 控制台直接打开 R 时，我陷入了近 20 分钟的循环，上面写着：

Error in socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  : 
  file descriptor is too large for select()
Calls: <Anonymous> ... makePSOCKcluster -> newPSOCKnode -> socketConnection
Execution halted
Error in socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  : 
  cannot open the connection
Calls: <Anonymous> ... makePSOCKcluster -> newPSOCKnode -> socketConnection
In addition: Warning message:
In socketConnection("localhost", port = port, server = TRUE, blocking = TRUE,  :
  port 11537 cannot be opened
Execution halted

最后，当它最终永远停止循环时，它说：

/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R: cannot make pipe for command substitution: Too many open files
ERROR: option '-e' requires a non-empty argument
rm: /var/folders/54/km__8z8x78x8_ct1pw8w8bbh0000gn/T//RtmpVORdTy: Too many open files

我无法访问控制台或在 R 中输入任何内容来尝试进行故障排除。此外，它会导致我的计算机大幅减速，并且活动监视器显示超过 150 个“R”进程正在运行，这些进程在退出 R 后不会消失，只有在终端中使用“killall R”后才会消失。

但是，IT 人员帮助我确定它在我的 Mac 用户库或首选项中，因为我们在我的机器上创建了一个全新的用户，安装了 R 和 RStudio，加载它们没有问题。

我只是一名心理学研究生，所以我真的不了解使 R 工作的后端，我对这些症状完全感到困惑。

我怀疑这些链接（5 , 6 , 7）可能会有所帮助，但我不知道如何执行解决方案，因为现在我无法在 R 中输入或运行任何内容，而不会触发“执行停止”的无限循环。

我真的可以用手，谢谢！

标签： rcrashrstudiorstan