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r - 在R中的多列的每一级上执行功能

问题描述

我需要在data.table. 例如，使用lung来自的数据集survival：

library(survival)
library(data.table)
library(dplyr)

data(lung)
setDT(lung)

vars <- c("sex", "ph.ecog")
lung[, (vars) := lapply(.SD, factor), .SDcols = vars]

fit <- tibble()
for (i in levels(lung[, vars ])){
temp <-
coxph(
  Surv(time, status) ~ i,
  data = lung
) %>% 
broom::tidy(exp=T)
fit <- bind_rows(fit, temp)
  }

这是行不通的——我怎样才能成功？

标签： rsurvival-analysis

解决方案

您想为每个级别的vars列还是为每个vars列运行该函数？

对于后者，您可以执行以下操作：

do.call(rbind,lapply(vars, function(x) {
  broom::tidy(coxph(reformulate(x, 'Surv(time, status)'), data = lung))
}))

#  term     estimate std.error statistic   p.value conf.low conf.high
#  <chr>       <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>    <dbl>     <dbl>
#1 sex2       -0.531     0.167     -3.18 0.00149    -0.859     -0.203
#2 ph.ecog1    0.369     0.199      1.86 0.0634     -0.0205     0.758
#3 ph.ecog2    0.916     0.225      4.08 0.0000448   0.476      1.36 
#4 ph.ecog3    2.21      1.03       2.15 0.0314      0.197      4.22

为了简化一点，因为您已经在使用data.table，您可以使用rbindlist而不是do.call+ rbind。

要对数据中的级别运行此操作，您可以执行以下操作：

do.call(rbind, lapply(vars, function(x) do.call(rbind,
        lapply(levels(lung[[x]]), function(y) 
    broom::tidy(coxph(reformulate(x, 'Surv(time, status)'), 
            data = lung[lung[[x]] == y]))))))

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