r - vegan 包中的 db-RDA 不评估所有解释变量

Question

这些天来，我正在尝试对 vegan 包进行 db-RDA 分析。我有 24 个解释变量和 46 个样本。问题是，在开发 db-RDA 时，我只能得到前 7 个环境变量的结果，而不管它们的排列顺序如何。可能是什么原因？我用代码解释问题

#1 我收取包裹素食主义者的费用

library(vegan)

#2 我上传了 OTU 数据帧，并以正确的格式进行了调整

featuretable16 <-read.table(file = '16Sfeaturetable.txt', sep = '\t', header = TRUE)
featuretable162 <- featuretable16[,2:57]
row.names(featuretable162) <- featuretable16$Rep
ft16stransponed <- t (featuretable162)

#3 我上传了环境条件并以正确的格式进行了调整（解释变量）

ambiental16 <-read.table(file = 'environmental16.txt', sep = '\t', header = TRUE)
rownames (ambiental16) = ambiental16$SampleID
ambiental162 <- ambiental16[,2:24]

#4 执行dbrda分析和绘图，只出现前7个解释变量

dbrda <- dbrda(ft16stransponed ~ ., ambiental162, dist="bray")
plot(dbrda)

db-RDA 图

#5 我用方差分析进行了显着性。尽管分析评估了所有环境因素，但仅显示了前七个解释变量的结果。

anova(dbrda, by="terms", permu=999) 
Permutation test for dbrda under reduced model
Terms added sequentially (first to last)
Permutation: free
Number of permutations: 999

Model: dbrda(formula = ft16stransponed ~ time + Location + pH + DO + Conductivity + Temperature + Water.Flow + Water.depth + Nitrogen + Nitrate + Ammonium + Phosphorus + TOC + Amoxicillin + Azithromycin + Ciprofloxacin + Clarithromycin + Erythromycin + Lincomicina + Metronidazol + Sulfametoxazol + Ofloxacino + Trimetoprima, data = ambiental162, distance = "bray")
             Df SumOfSqs       F Pr(>F)    
time          1   0.6731  3.5504  0.004 ** 
Location      1   4.7222 24.9074  0.001 ***
pH            1   0.9193  4.8488  0.002 ** 
DO            1   0.6811  3.5926  0.004 ** 
Conductivity  1   0.5441  2.8700  0.004 ** 
Temperature   1   0.6336  3.3418  0.004 ** 
Water.Flow    1   0.9761  5.1486  0.001 ***
Residual     48   9.1003                   
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
> 

我也做了一个 R 笔记本，但我不知道如何在这里提交，但可以更清楚。

标签： rveganrda