r - 错误没有适用于“ggplot_build”的方法应用于“格子”类的对象

Question

在使用 randomForest、partial 和 plotPartial 之后，我想为 3 个（多）部分依赖图创建一个通用图例。每当我尝试任何建议的解决方案时，它都会出现：

Error in UseMethod("ggplot_build") : 
  no applicable method for 'ggplot_build' applied to an object of class "trellis"

这是我的代码示例：

data(boston, package = "pdp") # load the (corrected) Boston housing data

library(pdp)
library(randomForest) # for randomForest, partialPlot, and varImpPlot functions
set.seed(101) # for reproducibility
boston.rf <- randomForest(cmedv ~ ., data = boston, importance = TRUE)
varImpPlot(boston.rf)


# Compute partial dependence data for lstat and rm
pd <- partial(boston.rf, pred.var = c("lstat", "rm"))
# Default PDP
a <- plotPartial(pd)

# Compute partial dependence data for lstat and dis
pd2 <- partial(boston.rf, pred.var = c("lstat", "dis"))
# Default PDP
b <- plotPartial(pd2)

# Compute partial dependence data for rm and dis
pd3 <- partial(boston.rf, pred.var = c("rm", "dis"))
# Default PDP
c <- plotPartial(pd3)

grid_arrange_shared_legend(a,b,c, ncol = 3, nrow = 1)

标签： rrandom-forest

Answer 1

您提取的代码很可能是用于ggplot2. plotPartial使用格子。

class(a)
[1] "trellis"

理论上，您可以使用latticeExtra例如，将绘图与公共图例合并，但此函数假定图例是相同的：

library(latticeExtra)
library(pdp)
c(a,b)

但是我认为颜色条一开始就不一样，所以用普通图例制作情节是错误的

grid.arrange(a, b, ncol = 2)

要使其正常工作，您必须首先找到一种方法使两个图的图例相等。也许尝试这样的事情：

library(patchwork)

# get the range of values
col_limits = range(c(pd$yhat,pd2$yhat,pd3$yhat))
col_limits = c(floor(col_limits[1]),ceiling(col_limits[2]))

plts = lapply(list(pd,pd2,pd3),function(i){

g = ggplot(i,aes(x=!!sym(colnames(i)[1]),
y=!!sym(colnames(i)[2]),fill=yhat)) + 
geom_tile() +  
scale_fill_viridis_c(limits=col_limits)+
theme_bw()

return(g)
})

combined = plts[[1]] + plts[[2]] + plts[[3]] & theme(legend.position = "bottom")

combined + plot_layout(guides = "collect")