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r - 在 Ubuntu 上安装软件包需要很长时间

问题描述

我使用 Windows 作为 OS 和 RStudio for Windows，今天切换到 Ubuntu 并再次安装了 R 和 RStudio。当我尝试tidyverse使用 CRAN（仅！）安装一些软件包时install.packages()，我在控制台上看到了一些我在 Windows 上从未见过的东西，它看起来像这样；

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
gcc -std=gnu99 9.3.0
zlib 1.2.11 is available ok
OpenMP supported
** libs
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-5iUtQS/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c assign.c -o assign.o
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG     -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-5iUtQS/r-base-4.0.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c between.c -o between.o

...

然后它继续这样，安装过程比我在 Windows 上遇到的时间要长得多。（tidyverse其中包括大约七个包裹，耗时 30 分钟）

这是正常的吗？如果不是，我该如何解决？

标签： rinstallation

解决方案

帮助解决问题的评论摘要。

一般来说，linux中默认的安装方式是type="source"，这意味着任何非R源码的包（如C++、Fortran）都需要编译。此外，CRAN 及其所有存储库镜像仅提供二进制包 windows 和 macos。

似乎有两种方法可以在 linux 上安装二进制包，而不是默认的：

  1. @duckmayr 建议阅读https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html（其他 linux 发行版存在类似页面）确定如何设置 CRAN2deb4ubuntu PPA，以便操作系统级别的软件管理apt（和相关工具）。这些 ubuntu/debian 软件包维护得很好并且合理地保持最新，尽管不像直接更新到 CRAN 服务器那样频繁更新。

    install.packages("tidyverse")但是，您可以简单地运行它来进行二进制安装，而不是长时间运行的 R 命令，效果相同：

    $ sudo apt-get install r-cran-tidyverse

    不幸的是，PPA 不包括提供给 CRAN 的每一个贡献的包（因为这将在 PPA 维护者方面付出巨大的努力，试图跟上 CRAN 每天对新包和包更新的冲击......单独的测试听起来禁止）。（建议的数量是 PPA 中的 4000 多个包，在 CRAN 的 16,278 个包中（截至 30 秒前）。

  2. 最近添加到存储库场景的是 RStudio 的Public Package Manager。在最近的一篇博文中，RStudio 宣布它具有（至少）三个基本功能：

    • install.packages通过...访问 Linux 上的预编译包
    • CRAN 的历史检查点可实现可重复的工作......
    • 扩展了对旧版本 R 的 Windows 支持...

    （这只是博客文章的一个小快照，我建议您阅读原文以获取更多详细信息和上下文。）

    快速搜索（Ubuntu 20.04 Focal 的包）显示：15,217 个二进制包和 16,216 个源包。

    借用 RStudio 的“设置”页面，对于 Ubuntu 20.04 Focal，您可以将其设置为您的存储库

    options(repos = c(PkgMgr="https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/focal/latest"))

    （我将其命名为“PkgMgr”，这是任意的。您可能想要/需要更多的存储库，请参阅?options和?setRepository安装。）

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