spark-streaming - 使用 HAIL 解析 .bgen 文件，而不在单个节点上加载数据

问题描述

我正在尝试使用 HAIL 解析以 .bgen 格式传递到 Spark DF 的基因组数据。该文件有 150 GB 大，不适合我集群上的单个节点。

我想知道是否有流式命令/方法可以将数据解析为我想要的目标格式，而不需要我预先将数据加载到内存中。

我真的很感激任何意见/想法！非常感谢！

标签： spark-streaminggeneticsgenomehail

您可以使用独立的 BGEN 阅读器来获取您需要的内容，然后将其转换为您想要的格式吗？

    import numpy as np
    from bgen_reader import open_bgen

    bgen = open_bgen("M:/deldir/genbgen/good/merged_487400x1100000.bgen")
     # read all samples and variants 1M to 1M+31
    val = bgen.read(np.s_[:,1000000:1000031])
    print(val.shape)

=> (487400, 31, 3)

'bed-reader' 库提供了一个受 NumPy 启发的 API，可以非常快速和轻松地将 BGEN 文件切片读取到 NumPy 数组中。第一次读取时，它会创建一个元数据文件。之后，它立即启动并每秒读取数百万个概率。

安装：https ://pypi.org/project/bgen-reader/
文档：https ://bgen-reader.readthedocs.io/en/latest/quickstart2.html

我很乐意为使用或问题提供帮助。

卡尔

spark-streaming - 使用 HAIL 解析 .bgen 文件，而不在单个节点上加载数据

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