r - 如何使用R中的clump函数删除像素簇

Question

我想删除形成大簇的像素，只保留小簇进行分析（意味着获取像素数和位置）。首先，我对所有值低于 0.66 的像素应用过滤器以将其着色为白色。然后我在 R 中使用函数 clump()。模型有效，但我不能只删除大集群。我不明白丛函数是如何工作的。

初始图像：

结果图像：plot_r 是值 < 0.66 的像素变为 0 的图像。 plot_rc 是 clump() 函数后的结果。正如所观察到的，我不能只删除大的像素簇（在图像 plot_r 的顶部）。我更改了值（代码中的 700）但没有更好，怎么办？

这里的代码：

library(magick)
library(pixmap)
library(raster)
library(igraph)

f <- "https://i.stack.imgur.com/2CjCh.jpg"
x <- image_read(f)
x <- image_convert(x, format = "pgm", depth = 8)

# Save the PGM file
f <- tempfile(fileext = ".pgm")
image_write(x, path = f, format = "pgm")

# Read in the PGM file
picture <- read.pnm(file = f, cellres = 1)
str(picture)
picture@size
mat <- picture@grey
mat[mat<0.66] <- 0; x

##############################################################
##Remove clumps of pixels in R using package Raster and igraph
#Detect clumps (patches) of connected cells
r <-raster(mat)
rc <- clump(r) 

#extract IDs of clumps according to some criteria
clump9 = data.frame(freq(rc))
#remove clump observations with frequency smaller/larger than N
clump9 = clump9[ ! clump9$count > 700, ]
# record IDs from clumps which met the criteria in previous step
clump9 = as.vector(clump9$value) 
#replace cells with IDs which do not belong to the group of interest 
rc[rc != clump9[1] & rc != clump9[2]] = NA 

# converting rasterlayer to matrix
n <- as.matrix(r)
m <- as.matrix(rc)

标签： rimageimage-processingpixel

Answer 1

也许像这样

library(raster)
library(igraph)

稍微缩短你的方法

f <- "https://i.stack.imgur.com/2CjCh.jpg"
b <- brick(f)
x <- sum(b)
r <- x > 450    
rc <- clump(r) 
f <- freq(rc, useNA="no")

用它们组成的像元数替换团块，然后将较大的一个（这里超过 100 个像元）设置为 NA，并使用结果来掩盖原始栅格

rs <- subs(rc, data.frame(f))
rsc <- reclassify(rs, cbind(100,Inf,NA))    
m <- mask(b, rsc)
plotRGB(m)