dataset - 确定 GROMACS 轨迹中的总帧数

Question

我在 GROMACS 中生成了 4 个重复轨迹，并试图将来自 4 个单独运行的氢键数据汇总为一个值。因为每次运行都模拟了不同的持续时间，因此总帧数不同，所以在平均到单个值之前，我无法对每个原始数据复制（0 到 1 之间）进行标准化。使用“gmx check -f file.xtc”似乎可以读出总帧数，但一些数据点在划分时大于 1。有没有更有效的方法来返回总帧数？（附输出图像）在此处输入图像描述

标签： dataset

Answer 1

您可以尝试使用一些 bash 脚本来自动化该过程。我绝不是 bash 方面的专家。但是你可以尝试这样做。

gmx check -f file.xtc &> log
grep 'Step' log

这会将所有 Gromacs 输出保存为一个名为 log 的文件，并获取包含关键字“Step”的行。