perl - 使用 conda 和 App::cpanminus 安装 Perl 模块
问题描述
我conda
尽可能在 Ubuntu 和 macOS 上安装软件包。我将包保存在不同的conda
环境中,以更好地管理依赖项。如何尽可能使用安装 Perl 和常用的非核心 Perl 模块conda
?显然,我还需要在安装特定模块conda
之类的东西之上使用。App::cpanminus
我找到了这篇文章:Yozen Hernandez(2020 年 6 月 30 日)在 Conda 环境中使用 cpanm 安装 Perl 模块。到目前为止,那里列出的方法似乎有效,例如:
# install Perl and the module App::cpanminus:
conda create -c bioconda --name perl526 perl-app-cpanminus
source activate perl526
# install Regexp::Common Perl module:
env PERL5LIB="" PERL_LOCAL_LIB_ROOT="" PERL_MM_OPT="" PERL_MB_OPT="" cpanm Regexp::Common
source deactivate
有更简单或更强大的解决方案吗?
笔记:
我知道conda
Perl 比最新的 Perl 版本落后了几个版本,而且perl-app-cpanminus
更落后。对于我的应用程序,这没问题。我正在使用Nextflow和Galaxy创建生物信息学工作流程,其中conda
尽可能多地使用提供了许多优势。因此,我可以容忍有些旧的 Perl 版本。
我知道主要 perl 站点上的指示,它指的是perlbrew,但我对conda
基于 - 的解决方案感兴趣。
解决方案
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