时间戳

首页 > 解决方案 > 具有 K 个集群和行名注释的热图

r - 具有 K 个集群和行名注释的热图

问题描述

我有一个看起来像这样的数据框，其中包含基因名称、基因家族和 Log2Fold Changes 。我能够将折叠变化放在热图中，但想只用基因家族注释行（在热图的右侧），同时还在整个热图上进行 K-means 聚类（制作 5 个簇）。这在 ComplexHeatmap 中可能吗？我附上了我的数据框：

tf.logs



    Name 0dpi 1dpi 7di 14dpi 22dpi
Gene1 MYB 1 2 3 4 5
Gene2 WRKY 4 3 6 5 11
Gene3 ERF 3 4 5 66 2
Gene4 bZIP 3 4 5 6 6
Gene5 EFR 4 4 4 4 4

我的热图代码是这样的：

heat.gen = Heatmap(tf.log, width = unit(4, "cm"), km = 6 
                   cluster_columns = F, 
                   show_row_names = F, 
                   row_gap = unit(1.25, "mm"),
                   row_title_gp = gpar(fontfamily = "sans", fontsize = 8, fontface = "bold"), 
                   name = "Log2FC", 
                   column_title = "Resistant - Susceptible", 
                   column_title_gp = gpar(fontfamily = "sans", fontsize = 16), 
                   col = colorRamp2(c(-4,0,4), colors = c("dodgerblue2", "cornsilk", "firebrick1")))

我还有一个包含基因名称和家族的数据框：

 Family
Gene1 MYB 
Gene2 WRKY 
Gene3 ERF 
Gene4 bZIP 
Gene5 EFR

标签： rheatmap

解决方案

不确定，ComplexHeatmap但使用这个pheatmap包很容易。只需将注释数据框提供为annotation_row. 您可以对行和列进行聚类。

我已经使用了这两个软件包并且更喜欢pheatmap个人。

推荐阅读