时间戳

首页 > 解决方案 > 基于两个公共列合并两个文件，并将空白替换为0

unix - 基于两个公共列合并两个文件，并将空白替换为0

问题描述

我真的需要你的帮助来合并基于 $1$2 的两个文件（有 3 列）并获取 $3 的所有值并将空/空白替换为 0。非常感谢提前

文件1：

chr1 1000001 135       
chr2 1000002 57
chr2 4400002 117    
chr6 1000003 172

文件2：

chr1 1000001 377       
chr1 5500002 320       
chr6 1000003 432

期望的输出：

chr1 1000001 135    377    
chr1 5500002  0    320     
chr2 1000002 57     0
chr2 4400002 117      0
chr6 1000003 172   432

我试过了

awk -F'\t' 'NR==FNR{A[$1$2]=$3; next} {A[$1$2]; B[$1$2]=$3} END{for (id in A) print id,A[id],B[id], "0"}' OFS='\t' File1 File2

输出

chr1 1000001 135       
chr1 1000001 377       
chr1 5500002 320       
chr2 1000002 57
chr2 4400002 117    
chr6 1000003 172
chr6 1000003 432

标签： unixawk

解决方案

您能否尝试仅在 GNU 中使用所示示例进行跟踪、编写和测试awk。

awk '
FNR==NR{
  a[$1 OFS $2]=$NF
  next
}
{
  if(($1 OFS $2) in a){
    d[$1 OFS $2]
    $(NF+1)=a[$1 OFS $2]
  }
  else{
    $(NF+1)=0
  }
  print
}
END{
  for(i in a){
    if(!(i in d)){
      print i,"0",a[i]
    }
  }
}
' Input_file2  Input_file1 | sort -k1

输出如下。

chr1 1000001 135 377
chr1 5500002 0 320
chr2 1000002 57 0
chr2 4400002 117 0
chr6 1000003 172 432

推荐阅读