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r - 如何减少大相关矩阵

问题描述

我有一个非常大的 (10000x10000) 相关矩阵，并希望在热图中显示它。我认为不可能这样做以减少具有一些阈值的矩阵。

    cellA <- data.frame(rnorm(10000, mean = 0, sd=1), 
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1),
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1), 
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1),
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1), 
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1),
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1), 
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1), 
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1),
                        rnorm(10000, mean = 0, sd=1))
    row.names(cellA) <- paste("G_", 1:10000)
    colnames(cellA) <- paste("M_", 1:10)
    corr <- cor(t(cellA))
    threshold <- 0.6
    gene.corrlation <- corr
    diag(gene.corrlation) <- 0
    sig.corr <- apply(abs(gene.corrlation) >= threshold, 1, any)
    filter.corr.gene <- corr[sig.corr, sig.corr]

我需要帮助了解我如何能够获得高于 0.6 的值。

标签： rbioinformaticscorrelation

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