r - 是否可以获得较低精度的路径长度？

Question

我正在使用一个科学软件包，它大量使用 igraph 的最短路径算法来计算路径长度。但是，对于我们感兴趣的图，返回的矩阵非常占用内存，很容易扩展到 10 Gb。此外，不需要双精度计算——在大多数情况下，单精度甚至整数精度就足够了。

我有两个问题：

1. 是否可以更改矩阵的数据类型，例如从双精度到单精度甚至整数（如果我们只需要边数）？
2. 是否可以将未连接节点之间的路径长度的默认值从无穷大更改为 null 或其他值？（我们正在考虑将矩阵存储在稀疏矩阵中，但无穷大不兼容）

我在文档中找不到任何可以让我这样做的参数或设置，无论是在这里：https ://igraph.org/r/doc/distances.html还是在低级函数文档中。

提前致谢！

标签： rigraph

Answer 1

一些可能有帮助的提示：

仅当大多数顶点对彼此不可达时，使用稀疏矩阵才会有所帮助。这意味着该图有许多小组件。如果是这样，将图分解为组件，并分别对每个组件运行最短路径长度计算。

您是否需要将整个矩阵存储在内存中以进行下一步计算？或者你可以部分地使用矩阵吗？igraph 可以计算并非来自所有来源的最短路径，而是仅来自某些来源。一个接一个地处理源（或为了更好的性能：一个小组一个小组），而不是一次全部处理。igraph 还支持仅计算到某些目标的路径，由于最短路径查找器的工作方式，逐个目标进行计算效率不高。