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r - JuliaCall 中的致命错误：找不到符号“ccalllib_libR.dylib74”

问题描述

在从包R运行时，出现以下错误：julia_setup()JuliaCall

Julia version 1.5.2 at location /Applications/Julia-1.5.app/Contents/Resources/julia/bin will be used.
Loading setup script for JuliaCall...
FATAL ERROR: Symbol "ccalllib_libR.dylib75"not found
signal (6): Abort trap: 6
in expression starting at /Users/rod/Library/R/4.0/library/JuliaCall/julia/setup.jl:72
__pthread_kill at /usr/lib/system/libsystem_kernel.dylib (unknown line)
Allocations: 2283792 (Pool: 2283458; Big: 334); GC: 3

并R关闭。

尝试 1

重新安装（在Julia）RCall包没有效果。既不重新JuliaCall安装R

尝试 2

指定目录并rebuild = TRUE增加错误消息。但是，它仍然中止。

JuliaCall::julia_setup(JULIA_HOME = "/usr/local/bin", 重建 = TRUE)

Julia version 1.5.2 at location /Applications/Julia-1.5.app/Contents/Resources/julia/bin will be used.
Loading setup script for JuliaCall...
sh: line 1:  6137 Abort trap: 6           '/Applications/Julia-1.5.app/Contents/Resources/julia/bin/julia' '--startup-file=no' '/Users/rod/Library/R/4.0/library/JuliaCall/julia/rebuildRCall.jl' '/usr/local/Cellar/r/4.0.3/lib/R' 2>&1
FATAL ERROR: Symbol "ccalllib_libR.dylib75"not found
signal (6): Abort trap: 6
in expression starting at /Users/rod/Library/R/4.0/library/JuliaCall/julia/setup.jl:72
__pthread_kill at /usr/lib/system/libsystem_kernel.dylib (unknown line)
Allocations: 2283722 (Pool: 2283388; Big: 334); GC: 3

编辑 1

从 Julia调用RCall也会引发类似的错误。

朱莉娅> 使用 RCall

FATAL ERROR: Symbol "ccalllib_libR.dylib108"not found
signal (6): Abort trap: 6
in expression starting at REPL[1]:1
__pthread_kill at /usr/lib/system/libsystem_kernel.dylib (unknown line)
Allocations: 2319414 (Pool: 2319001; Big: 413); GC: 2
[1]    49111 abort      julia

评论中的一致性发现了类似的错误：https ://discourse.julialang.org/t/rcall-vscode-repl-crash/46128

系统信息

版本

               _                           
platform       x86_64-apple-darwin19.6.0   
arch           x86_64                      
os             darwin19.6.0                
system         x86_64, darwin19.6.0        
status                                     
major          4                           
minor          0.3                         
year           2020                        
month          10                          
day            10                          
svn rev        79318                       
language       R                           
version.string R version 4.0.3 (2020-10-10)
nickname       Bunny-Wunnies Freak Out

在朱莉娅：

朱莉娅>版本信息（）

Julia Version 1.5.2
Commit 539f3ce943 (2020-09-23 23:17 UTC)
Platform Info:
  OS: macOS (x86_64-apple-darwin18.7.0)
  CPU: Intel(R) Core(TM) i7-4770HQ CPU @ 2.20GHz
  WORD_SIZE: 64
  LIBM: libopenlibm
  LLVM: libLLVM-9.0.1 (ORCJIT, haswell)

标签： rjuliafatal-errorjulia-1.x

解决方案

我也遇到了一些问题julia_setup。这是在我将 R 更新到 4.0.4 并将 Julia 更新到 1.5.4 之后开始的。问题出在 Julia 中，Julia 错误地尝试为 R 4.0.3 查找一些 .DLL。我认为我的 PATH 变量上没有 R，但这有帮助。

这对我有用：

  1. 将 R 添加到您的 PATH。
  2. 将 Julia 添加到您的 PATH 中。
  3. （必要时重新启动）。
  4. 在 Julia 中，运行add Rcall，然后build RCall. 在我将 R 添加到我的 PATH 之前，add RCall会成功但build RCall会失败。
  5. 在 R 中，运行install.packages("JuliaCall")，library("JuliaCall")，最后julia_setup(rebuild=TRUE, verbose=TRUE)。

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