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r - 了解 ggplot 条形图上样本的顺序

问题描述

请参阅下面的编辑

我是来自 df 的条形图，它由 440 行组成，结构如下：

在此处输入图像描述

然后我使用以下代码创建条形图：

ggplot(fplot2, aes(x=SampleID, y=Abundance, fill=Taxon)) +
geom_bar(stat="identity") +
scale_fill_manual(values = Cb64k) +
theme(axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1)) +
coord_cartesian(expand=FALSE) +
xlab("Sample") +
ylab("Abundance") +
facet_wrap(~fplot2$Patient, scales="free_x", nrow=2, ncol=5)

这给了我这个数字：

在此处输入图像描述

我注意到患者编号不正确，因为 P_10 排在 P_1 之后。我可以更改图像，使顶行是 P_1 到 P_5，底行是 P_6 到 P_10？

另外，我注意到对于 P_8 的样本也有问题，它们应该是 P8W0、P8W2、P8W4、P8W12、P8W14。我也可以重新排序吗？

编辑：我通过添加以下内容解决了方面排序的问题：

facet_wrap(~factor(fplot2$Patient,levels=c("P_1","P_2","P_3","P_4","P_5","P_6","P_7","P_8","P_9","P_10")), scales = "free_x", nrow=2, ncol=5)

但我不确定如何更改 P_8 样本的顺序

标签： rggplot2facet-wrap

解决方案

也转换SampleID成a factor：

ggplot(fplot2, aes(x = factor(SampleID, levels = lvls), y = Abundance, fill = Taxon))

并明确指定lvls所需的顺序。给定图像中的轴标签，这是我对您想要的顺序的最佳猜测：

lvls <- c(
  vapply(1:6, function(x) paste0("P", x, "W", c(0, 1, 3, 6)), character(4L)), 
  paste0("P7W", c(0, 3, 6)), 
  paste0("P8W", c(0, 2, 4, 12, 14)), 
  vapply(9:10, function(x) paste0("P", x, "W", c(0, 1, 3, 6)), character(4L))
)

lvls矢量看起来像这样

 [1] "P1W0"  "P1W1"  "P1W3"  "P1W6"  "P2W0"  "P2W1"  "P2W3"  "P2W6"  "P3W0"  "P3W1"  "P3W3"  "P3W6"  "P4W0"  "P4W1"  "P4W3"  "P4W6"  "P5W0"  "P5W1"  "P5W3"  "P5W6"  "P6W0" 
[22] "P6W1"  "P6W3"  "P6W6"  "P7W0"  "P7W3"  "P7W6"  "P8W0"  "P8W2"  "P8W4"  "P8W12" "P8W14" "P9W0"  "P9W1"  "P9W3"  "P9W6"  "P10W0" "P10W1" "P10W3" "P10W6"

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