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python - 集成 pyenv virtualenv conda 和 ASE 的最佳实践

问题描述

我正在使用带有 Linux 的桌面（特别是 Pop_OS！20.04，类似于 ubuntu）。

我需要运行ASE，它是用于原子模拟的 python 包。这可以通过多种方式安装（apt、pip、conda）。出于我的目的，我需要使用 conda 安装它（尽可能与社区保持一致）。由于我不喜欢 conda 集成到 bash 中的方式，我决定使用 pyenv 作为虚拟环境管理器。

因此，要在另一个stackoverflow问题上回答 1 ，最好不要通过 pyenv 安装 conda。所以在我简单的头脑中，我首先尝试了这个（案例A）：

  1. 我用 pyenv 创建了一个虚拟环境；
  2. 我使用正确的脚本安装conda，现在使用 pyenv
  3. 在环境中并使用 conda 我安装 ASE
$ pyenv virtualenv 3.9.0 caseA
(caseA) $ which python  
/home/fex/.pyenv/shims/python
(caseA) $ python -V
Python 3.9.0
(caseA) $ bash Anaconda3-2020.07-Linux-x86_64.sh
# I did not include anaconda in the bashrc
# To activate conda eval "$(/home/user/anaconda3/bin/conda shell.YOUR_SHELL_NAME hook)" or "source <path to conda>/bin/activate"
# conda init
(baseA) $ source /home/fex/anaconda3/bin/activate
(base) (caseA) $

这种双重环境很有趣，我认为不应该发生。但是我无法使用 conda 安装 ASE。所以我给了conda init：

(base)(caseA) $ conda init
(base)(caseA) $ source ~/.bashrc
(base) $ conda install -c conda-forge/label/cf202003 ase
(base) $ ase test
...
fio/oi.py: TypeError: Object does not appear to be a file-like object
========== Summary ==========
Number of tests   363
Passes:           260
Failures:           0
Errors:             1
Skipped:          102
=============================
Test suite failed!
Time elapsed: 42.3 s

据我了解，这种方法有效，但是绕过 pyenv，我最终只使用了一个 conda 环境，这不是我首先想要的。

案例 B：这并不重要。创建环境后，我尝试使用 pyenv 安装 conda，但无法在 pyenv 环境中使用它。

案例C：我通过以下方式解决问题：

  1. 使用 pyenv 安装 conda
  2. 创建一个依赖于 conda 而不是特定版本的 python 的 pyenv 虚拟环境
$ pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv
  1. 这对我有用，但我使用的是 conda 中包含的 python。这不是问题，但由于我没有完全掌握这里的全部技术性，所以我想分享我的疑问。

我在这里写的另一个原因是 ASE 是 DFT（密度泛函理论）领域中非常流行的标准，目前它是化学/物理领域中引用最多的主题之一。然而，手册和指南的编写跟不上 Python 的快速发展步伐。

额外信息

$ pyenv versions
  system
  2.7.18
* 3.9.0 (set by PYENV_VERSION environment variable)
  3.9.0/envs/caseA
  3.9.0/envs/caseB
  3.9.0/envs/coppie
  3.9.0/envs/foo
  caseA
  caseB
  ccase
  coppie
  foo
  miniconda3-latest
  miniconda3-latest/envs/ccase # I created this with pyenv virtualenv miniconda3-latest ccase ccase stands for case C
$ pyenv -v
pyenv 1.2.21
$ which python
/home/fex/.pyenv/shims/python
$ python -V
Python 3.9.0
 pyenv activate ccase
pyenv-virtualenv: prompt changing will be removed from future release. configure `export PYENV_VIRTUALENV_DISABLE_PROMPT=1' to simulate the behavior.
(ccase) $ pip install pytest
(ccase) $ ase test
[...]
====================================================================== 1290 passed, 233 skipped, 1 xfailed, 5 warnings in 193.06s (0:03:13)

标签： pythonpython-3.xlinuxcondapyenv

解决方案

在这个阶段，我设法用 conda 安装了 ASE。我在直接调用 miniconda 而不是 python 的 pyenv 环境中执行此操作。

$ pyenv virtualenv miniconda3.X.Y fooenv
$ pyenv activate fooend
 (fooenv) $ conda install -c conda-forge/label/cf202003 ase # This installs ASE 
 (fooenv) $ pip install pytest # In this version of ase `ase test` does not work
 (fooenv) $ ase test # This test is longer and more complete that the once achieve with conda without pyenv

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