cluster-computing - 如何在 R 中的稀疏相关矩阵上应用层次聚类（NaN 相异值）？

Question

我一直在搜索类似的问题，并尝试将建议的解决方案调整到我下面的问题，但无济于事。我在使用 R 方面相当新，我必须补充。我有一个微生物组 OTU 表 125 个样本 96 个分类群，希望获得分类群共丰度组；当我从分类群校正中消除 r<0.2（和 p<0.05）值时。matrix (96x96) 生成的稀疏矩阵在将其转换为距离矩阵（gower 或 manhattan）后，由于 NA 无法聚类。hclust 函数生成“NaN 相异值”。这是 96x96 cor 的一个子集。矩阵：

在此处输入图像描述

我在转换 corr 时尝试了 dist、vegdist、daisy 函数。矩阵到距离矩阵（na.rm=T，如果适用），以及 hclust 或 agnes 函数以获得层次聚类树状图。

谢谢！

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