时间戳

首页 > 解决方案 > 使用 bowtie2 对循环（for 循环）应用文件限制

bash - 使用 bowtie2 对循环（for 循环）应用文件限制

问题描述

您好，我只想对一组文件应用循环，但不是对我的所有文件都这样做，我只想对目录中的某些文件进行循环

这是我使用的命令，是基于 bowtie2 的基因组序列比对：

 for i in *1.fastq.gz
    do 
    base=$(basename $i "_1.fastq.gz")
    bowtie2 -p 8 -x /mnt/path/contigs -1 ${base}_1.fastq.gz -2 ${base}_2.fastq.gz | samtools view -b -o ${base}.bam -
    done

所以使用这个命令，bowtie2 会与我的所有文件对齐，但是鉴于在这个文件夹中有一些文件的 bowtie2 分析已完成，我不希望 bowtie2 再次对这些文件进行分析，所以，是否有任何子命令我可以添加到此循环以避免分析某些文件？

标签： bashfor-loopalignmentsamtools

解决方案

创建 2 个文件，每个文件每行有 1 个基本名称：（1）您的输入，此处读取 1 个 fastq 基本文件名，以及（2）您现有的输出，此处为 bam 基本文件名。对文件进行排序并使用comm -23 file1 file2 > file3仅选择尚未映射的基本名称。然后遍历那些，保存在file3.

快速而肮脏的解决方案（假设文件名没有空格）：

ls -1 *_1.fastq.gz | perl -pe 's/_1.fastq.gz//' | sort > in.basenames.txt
ls -1 *.bam | perl -pe 's/.bam//' | sort > out.basenames.txt
comm -23 in.basenames.txt out.basenames.txt > todo.in.basenames.txt

while read -r base_name ; do
    bowtie2 -1 ${base_name}_1.fastq.gz -2 ${base_name}_2.fastq.gz ...
done < todo.in.basenames.txt

推荐阅读