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r - 从嵌套 coxph 模型中获取置信区间和 exp

问题描述

数据和图书馆：

test <- tibble(start=c(1,2,5,2,1,7,3,4,8,8), 
              age=c(2,3,6,7,8,9,9,9,14,17), 
              event=c(1,1,0,1,1,1,1,0,0,0), 
              x=c(1,0,0,1,0,1,1,1,0,0),
              sex=c(0,0,0,0,0,1,1,1,1,1))

library(tidyverse)
library(broom)
library(survival)

我想嵌套几个分组的 tibbles 并创建 coxph 对象，并以整洁和一目了然的方式提取和嵌套数据（来自 broom 包）。在整洁的输出中，我还希望数据被指数化并具有置信区间。这有效：

coxph_obj <- (coxph(Surv(start,  event) ~ x + sex + age, test)) 
tidy(coxph_obj, exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE)

但是，我不知道如何exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE在tidied = map(fit, tidy)下面工作：

test %>%
  nest(data = -sex) %>% 
  mutate(
    fit = map(data, ~ coxph(Surv(start,  event) ~ x + sex + age, data = test)),
    tidied = map(fit, tidy),
    glanced = map(fit, glance)
  )

 unnest(c(tidied, glanced), names_repair = "universal" )

标签： rtidycox-regressionsurvivalbroom

解决方案

Ben在评论中提供的答案：

tidied = map(fit, tidy, exponentiate = TRUE, conf.int = TRUE)“使用给你什么mutate”

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